因为不连续的转录本结构，相对短的片段长度，和测序技术持续增加的通量，高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题。当前可用的RNA-seq比对器遭受高比对错误率，低比对速度，片段长...

Tophat 首次被发表已经是6年前 Cufflinks也是五年前的事情了 Star的比对速度是tophat的50倍，hisat更是star的1.2倍。 stringTie的组装速度是cufflink...

bedtools multicov和htseq-count都可以用来对基因和转录本的表达量的计算！！！ 我们总共有四个样本，已经比对到小鼠的mm9基因组上面了，数据大小如下 然后对基因和转录本计数需要...

以前是没有想过用这个软件的，直到有一个我的htseq无法对比对的bam文件进行基因计数（后来我才发现htseq无法计数的原因是gtf版本不同导致坐标不同，而且gtf对染色体编号没有加上chr），我简单...

取代bowtie tophat进行RNA-seq比对 HISAT全称为Hierarchical Indexing for Spliced Alignment of Transcripts，由约翰霍普金...

rMATS是一款对RNA-Seq数据进行差异可变剪切分析的软件。其通过rMATS统计模型对不同样本（有生物学重复的）进行可变剪切事件的表达定量，然后以likelihood-ratio test计算P ...

HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。 官网： http...

一：下载安装该软件 wget http://sourceforge.net/projects/rseqc/files/RSeQC-2.5.tar.gz/download tar zxvf RSeQC....

目录 1. 标准化 1.1. House-keeping gene(s) 1.2. spike-in 1.3. CPM 1.4. TCS 1.5. Quantile 1.6. Median of Ra...

利用RNA-Seq技术来分析转录组现在是一种很普遍的方法，在我读PhD期间分析过细菌的转录组数据。做差异表达分析的基本流程是：做质量控制->利用bwa map reads到基因组上->计算...