BLAST+与BLAST比较 BLAST已经成为序列比对软件代名词，且其词性也已经开始变化，诸如BLASTing之类的词汇在各种论文中已是屡见不鲜，可见其影响之深，使用之广，如同分子生物学领域中的PC...
RNA-seq拼接结果数据提交NCBI
RNA-seq的拼接结果也可以向NCBI提交，第一次提交，还是费了不少事，这里简单总结一下。RNA-seq的拼接结果应该提交到TSA库，TSA全称Transcriptome Shotgun Assem...
使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据
做基因组数据分析，可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据，动辄几十G的数据用wget下载实在太纠结，这时就要用到神器-Aspera了。 使用Aspera，最简单的方...
NCBI的数据库介绍
GenBank Overview 基本信息 什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。Ge...
关于RefSeq:NCBI参考序列
NCBI的参考序列计划（RefSeq）将为中心法则中自然存在的分子，从染色体到mRNA到蛋白提供参考序列标准。RefSeq标准为人类基因组的功能注解提供一个基础。它们为突变分析，基因表达研究，和多态发...
NCBI参考序列（RefSeq）常见问题回答
1，什么是参考序列RefSeq？ NCBI的参考序列（RefSeq）计划，为多种生物提供序列的数据信息及相关资料，用于医学、基因功能和基因功能比较研究。RefSeq数据库中所有的数据是一个非冗余的、提...
BLAST+的使用
BLAST+与BLAST相比，有很多改进和提高，NCBI强烈推荐放弃BLAST，使用BLAST+， 这里说的BLAST和BLAST+，都是本地的。BLAST下载地址：NCBI BLAST+ (ftp:...
NCBI RefSeq命名格式的详细说明
NCBI RefSeq (美国国立生物技术信息中心参考序列库) 是目前世界上最具有权威性的序列数据库。NCBI的参考序列计划（RefSeq）将为中心法则中自然存在的分子，从染色体到mRNA到蛋白提供参...
NCBI/DDBJ/EMBL序列的标识符：GI number和Accession.Version
GI number及Accession.Version就像是序列的身份证号码一样。通过这个号码，我们能在NCBI/DDBJ/EMBL等数据库查到该序列的数据。 问题： 为什么会有两种类型的序列标识符（...
GenBank数据库格式的说明
GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸以及蛋白质序列。每个记录代表了一个单独的、连续的、带有注释的DNA或RNA片段。这些文件按类别分为几组：有些按照系统发...