序 言 接触HiC数据有一些时日了，想着总结一下关于HiC的一些特定术语以及数据分析的相关软件，做为备忘录的同时也可以方便后来的人。 先从概念开始，下面的示意图基本完美地展示了那些耳熟能详的术语所定义...

写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.基因组空间三维结构与功能 染色质空间三维结构 染色体结构 DNA以一长串复杂的线圈形式堆积成染色体。DNA...

Hi-C技术主要将空间结构临近的DNA片段进行交联，并将交联的DNA片段富集，然后进行高通量测序，对测序数据进行分析即可揭示全基因组范围内的染色体片段间的交互作用。利用Hi-C技术可以揭示基因组的一般...

Hi-C分析需要的测序量比较高，1个样本往往需要测序很多的数据量，1个Hi-C文库可测序的数据量有限（一般情况下100-300G PE150，超出这个量，多测的数据可能含有较高的PCR dup），所以...

Hi-C技术是高通量染色体构象捕获技术（High-throughput chromosome conformation capture）。 利用高通量测序技术，结合生物信息学分析方法，研究全基因组范围...

数据自身的质量在很大程度上决定了分析结果的准确和可靠，随着Hi-C技术在三维基因组学上的快速推广，对于Hi-C数据本身的质量和测序深度也逐渐引起研究人员的重视。同时对该技术的进一步优化和改进使之能够在...

细胞核内的染色质构像一般分以下几个层级 Chromosome Territories Compartment A/B Topologically Associating Domains (TADs) ...