Opening the zip file: The zip file ‘SOAPdenovo2.zip’ expanded into two programs - i) pregraph_sparse...

N50 statistic is widely used by bioinformaticians to judge the quality of their assemblies, but it i...

当我们在进行 de novo 测序时，一般而言，测序深度越深 (测序量越多)组装效果会越好，就如同统计学中所述，抽样的样本数越多，其分布会越接近母体之分布。 不过，是不是只要一直增加测序量就能完整组出...

基因组（genome）是细胞或生物体的全套遗传物质，或载有遗传信息的全体核酸，包括所有染色体上的核酸，对于真核生物，其基因组还包括线粒体上的核酸。各种生物体之间存在着差异，这种差异正是由基因组所决定的...

mgene 是一款基于机器学习的方法，从真核基因组序列中预测但白白编码基因的软件。   同时mgene.web是一款web服务程序。           mGene is a computationa...

CGView是一种画图工具，生成展示序列特性、基本组成片段、分析相似片段的圆形基因图解图，需要提供的序列为raw、FASTA、GenBank和EMBL格式， 另增加特性或者分析信息请在提交的GFF文件...

CAMBer（Comparative Analysis of Multiple Bacterial Strains）是一款比较分析多个细菌基因组的软件，同时CAMBerVis这款软件可以同时对多个细菌...

iAssembler利用MIRA以及CAP3软件，将454以及sanger测序产生的转录组数据(EST)拼接成基因组。 官方介绍： iAssembler is a standalone package...

在做基因组拼接的时候，有时候已经获得了一堆contig或者scaffold，然后需要利用另外的一个pair-end或者mate-pair文库进一步做scaffolding的话。用什么软件好呢？ 最近使...

最近在Plos ONE 上看到一篇比较分析基因组拼接软件的文章，该文章列举了目前主流的基因组拼接软件（Genome Assembly），以及相关的算法、使用的数据平台，等等。 下面是软件使用平台和算法...