快速入门GATK Bioinformatics

快速入门GATK

GATK,全称是Genome Anlysis Toolkit,顾名思义,是一套用于分析基因组的工具箱。主要功能是寻找变异位点和基因分型,但是实际上功能超多,导致初学者都不知道从何学习GATK。 最近因...
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GATK使用方法详解(初步分析) Bioinformatics

GATK使用方法详解(初步分析)

这一步主要是对上面所得到的最终vcf中的结果进行一些初步的分析,比如计算这些变异位点在dbsnp中的比例、Ti/Tv的比例、每个样本中的snp数量……。此外,还可以对变异位点的同义/非同义突变进行统计...
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GATK使用 Genomics

GATK使用

首先说说GATK可以做什么。它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling,包括SNP、INDEL。比如现在风行的exome sequencing找variant,一般通过...
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