Tophat+cufflinks组合是RNA-Seq数据分析的一个很经典的分析方法了，四年前关于这两个软件的使用，Nature Protocol专门发文介绍如何使用这两个软件，具体可以参考《利用top...
Transcriptomics
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Bioinformatics
转录组cufflinks套装的使用
cufflinks套装有很多，我们主要使用的只有三个 Cufflinks是用来处理tophat的输出的bam文件然后输出gtf文件 cuffmerge把多个样本的gtf文件合并的，也没啥子用，主要是测...
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Tophat+cufflinks 学习笔记
整个分析用TopHat进行比对，比对完成后将比对输出作为cufflinke拼接的输入（单独拼接），将单独拼接的结果使用cuffmerge混合，然后使用cuffdiff做差异，使用r软件包CummeRb...
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cufflinks的使用
一. 简介 Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。 二. 安装 C...
Transcriptomics
利用tophat和Cufflinks做转录组差异表达分析的步骤详解
今天一个同学给我推荐一篇Nature Protocol 上文章，关于转录组差异表达分析。尚在正式通读之前习惯性浏览一遍图表，说实在这篇文章着实让我觉得有点“另类”。这是一篇活生生的利用Bowtie、t...