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首页Cufflinks
Transcriptomics

RNA-Seq数据分析新方法流程(HISAT、StringTie和Ballgown)

Tophat+cufflinks组合是RNA-Seq数据分析的一个很经典的分析方法了,四年前关于这两个软件的使用,Nature Protocol专门发文介绍如何使用这两个软件,具体可以参考《利用top...
08月31日16,4971 RNA-seq 转录组
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Transcriptomics

转录组的组装Stingtie和Cufflinks

首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装,当然也可用于转录本的定量。前者于2016年的 protocol上发表的转录组流程HISAT, StringTie and Ballgown后被广泛使用...
02月13日1,093评论Cufflinks RNA-seq
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Bioinformatics

转录组cufflinks套装的使用

cufflinks套装有很多,我们主要使用的只有三个 Cufflinks是用来处理tophat的输出的bam文件然后输出gtf文件 cuffmerge把多个样本的gtf文件合并的,也没啥子用,主要是测...
01月14日3,402评论Cufflinks 转录组
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Bioinformatics

Tophat+cufflinks 学习笔记

整个分析用TopHat进行比对,比对完成后将比对输出作为cufflinke拼接的输入(单独拼接),将单独拼接的结果使用cuffmerge混合,然后使用cuffdiff做差异,使用r软件包CummeRb...
12月22日14,759评论Cufflinks tophat
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Bioinformatics

cufflinks的使用

一. 简介 Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。 二. 安装 C...
06月15日6,314评论Cufflinks
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Transcriptomics

利用tophat和Cufflinks做转录组差异表达分析的步骤详解

今天一个同学给我推荐一篇Nature Protocol 上文章,关于转录组差异表达分析。尚在正式通读之前习惯性浏览一遍图表,说实在这篇文章着实让我觉得有点“另类”。这是一篇活生生的利用Bowtie、t...
11月10日30,2352差异表达 转录组
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