鉴定可重复的Peaks Epigenetics

鉴定可重复的Peaks

ATAC-Seq/ChIP-Seq通常需要2个会更多的生物学重复(十分珍贵或者稀有样本除外,但必须做至少2次技术重复)。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性,实际情况并不完全与预期一致。如何评...
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ChIP-seq的Input(对照) Bioinformatics

ChIP-seq的Input(对照)

关于对照 说到实验设计就不得不提到对照。从小老师教育我们,没有对照组的实验是不完整的,或者说就没有任何意义。所有的生化湿实验都很讲究完整的正对照和负对照。当然,下面的实验我都没做过。。。 蛋白相关实验...
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ChIP-seq基础入门 Epigenetics

ChIP-seq基础入门

理解ChIP-Seq 到了目前这个水平,我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RN...
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ChIP-Seq分析小实战(一) Epigenetics

ChIP-Seq分析小实战(一)

ChIP-Seq分析小实战(一) ChIP-Seq分析小实战(二) ChIP-Seq分析小实战(三) ChIP知识点的梳理 ChIP属于表观遗传学中的一门技术,我第一次了解表观遗传学是通过一本叫遗传的...
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Chip-seq处理流程 Epigenetics

Chip-seq处理流程

本文将以MACS为例,介绍ChIP-seq数据的处理流程。为节省篇幅,本文略去测序数据预处理、mapping reads等步骤,直接从peak-calling开始讲起。 一、首先粗略地介绍一下MACS...
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