本文将以MACS为例，介绍ChIP-seq数据的处理流程。为节省篇幅，本文略去测序数据预处理、mapping reads等步骤，直接从peak-calling开始讲起。 一、首先粗略地介绍一下MACS...

在使用Bowtie比对于完Chip-Seq的结果后，就需要用到MACS或者ERANGE来找出峰所在的位置了。但是由于ERANGE的设置比较复杂，所以最为流行的还是MACS。 我们首先来了解一下MACS...

前面已经给大家推荐了一个在线的高通量数据分析教程《推荐一个二代测序高通量数据分析在线教程》。刚刚一个偶然机会发现优酷上竟然有讲解新一代测序技术数据分析的在线视频教程，于是随便点开了几个，看了看。觉得不...

随着基因组学研究的深入，人们已经不再满足于了解基因的功能，而是对基因调控表现出愈加浓厚的兴趣。现在，我们知道，DNA甲基化和组蛋白修饰可调控基因，microRNA和非编码RNA也可以。基因调控的研究工...

简介 ChIP-Seq：用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白（相互反应）、组蛋白修饰（表观遗传标记）和核小体的技术，研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 ChIP-Se...

染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）是指对染色质免疫共沉淀（ChIP）获得的DNA片段进行大规模测序，并能把所研究蛋白的DNA结合位点精确定位到基因组上。 Roche GS FLX Titaniu...

概述 染色质免疫共沉淀技术（ Chromatin Immunoprecipitation ， ChIP ）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与 DNA 相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或...