Public Library of Bioinformatics Public Library of Bioinformatics
  • 首页
  • 分类文章
    • Bioinformatics
    • Machine Learning
    • Transcriptomics
    • Genomics
    • Single Cell
    • Epigenetics
    • Statistics
    • Script
    • Evolution
    • Glossary
    • ncRNA
    • Advance
    • Popular Science
  • 在线文档
    • ggplot2画图教程
    • 鸟哥的Linux私房菜
    • Perl教程
    • 机器学习
  • 关于我们
bj
欢迎光临!
登录
站内
百度
谷歌
必应
搜狗
360
首页

CellRanger

Transcriptomics

Cell Ranger 输出文件介绍

利用cell ranger分析scRNA-Seq数据后一般会得到这三个文件, barcodes.tsv.gz  # 每个barcode代表一个cell features.tsv.gz # 每个feat...
03/181,875评论
阅读全文
Single Cell

CellRanger单细胞转录组分析教程(五) 理解cellranger count的结果

Cellranger的结果力求与常规分析的结果格式相同,比如它生成的 barcoded BAM files 也可以放到IGV中查看比对质量 count结果一般放在out目录下,主要有summary和a...
11/084,679评论
阅读全文
Single Cell

CellRanger单细胞转录组分析教程(四) Cell Ranger流程概览

总的来说,Cell Ranger主要的流程有:拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze,还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sit...
11/088,363评论
阅读全文
Single Cell

CellRanger单细胞转录组分析教程(三) 使用初探

首先对上次改好名称的fastq数据进行质控 # 以P2586-4为例 mkdir -p $wkd/qc cd $wkd/qc find $wkd/raw/P2586-4 -name '*R1*.gz'...
11/084,718评论
阅读全文
Single Cell

CellRanger单细胞转录组分析教程(二) 使用前注意事项

将SRA转为fastq 我们使用fastq-dump这款软件,它是sra-tool中的一个工具,使用conda安装即可 conda install -c bioconda sra-tools 关于这个...
11/087,728评论
阅读全文
Single Cell

CellRanger单细胞转录组分析教程(一) 数据下载

数据来自2018年9月的NC文章Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of...
11/084,251评论
阅读全文
Single Cell

cell ranger分析结果详细解读

cell ranger输出结果目录结构如下所示 ├── analysis │ ├── clustering │ ├── diffexp │ ├── pca │ └── tsne ├── cloupe....
02/18816评论
阅读全文

赞助链接




随机文章

  • 单细胞轨迹分析dyno使用教程 02/16 2,092
  • 跟着官网学习单细胞Monocle3 11/08 12,740
  • 为什么要以数据库的思维来理解Seurat单细胞数据 11/02 718
  • 单细胞测序数据处理知识 02/11 3,361
  • Seurat进行单细胞RNA-seq聚类分析 04/16 4,971
  • 单细胞RNA-seq分析介绍 08/10 721
Copyright © 2011-2025 Public Library of Bioinformatics (PLoB). All Rights Reserved. Sitemap