Transcriptomics转录组 de novo流程–包括转录本完整注释 有网友咨询过对于没有参考基因组或者转录组的物种,如何做RNA-seq分析。我觉得这个问题太大了,而且我还真的对这个没有经验。但是我以前看到过一篇文献,里面提到过一个非常全面的转录组 de novo组装... 01月14日7,080评论注释 转录组 阅读全文
TranscriptomicsTrinity学习笔记 1:分析流程图如下 2: 首先就是将样本的reads合并在一起命令如下: cat 1M_READS_sample/*.left.fq > reads.ALL.left.fq cat 1M_REA... 12月22日15,810评论注释 转录组 阅读全文
Genomics推荐一篇关于真核基因组注释方法与流程的文章 测一个未知基因组(de nove sequence),要进行测序、拼接及注释。关于测序仪和拼接软件已经讲的很多了,很少有关于基因组注释的文章。一篇最近在Nature Review Genetics上的... 06月07日6,375评论基因组 注释 阅读全文
Genomics基因组注释分析主要包括哪些内容 ? 基因组注释包括以下方面的内容: (1) 重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库,找出序列中包含的重复序列,识别类型并转化为N或者X,统计各种类型重复序列的分布。 (2) 编码基因的预测。通过将转... 01月09日5,1911 基因组 注释 阅读全文
ScriptPerl中的代码注释 在写C,C++等程序的时候我们清楚利用 // 对单行代码进行注释,利用 /* */ 可以对多长代码进行。但是在写Perl脚本的时候,我们往往只知道利用 # 来注释单行代码(当然perl里面的第一行的... 12月27日3,573评论perl 注释 阅读全文
Bioinformatics蛋白注释相关的工具 随着蛋白质数量的增加,对于这些蛋白质的分类与注释成为一个非常活跃的课题。这里将包含所有蛋白质序列的集合称为nr库,在nr库中,序列与序列的相似性是不均等的,当我们使用blast进行序列两两比对的时候,... 12月02日6,881评论annotation 注释 阅读全文
Script利用BioJava列出序列中的注释 当你读取象GenBank或EMBL这样的序列注释文件时,文件提供的不仅仅是序列本身还有一些更细节的序列信息。如果这个信息拥有位置的话,就可以当作是特征。如果这个信息是很通用的信息比如说是物种名称的话,... 09月19日1,357评论BioJava Java 阅读全文