Bioinformatics使用FGAP进行补洞 1. FGAP简介 FGAP利用BLAST将contigs序列比对到基因组草图序列上,寻找重叠到gap区间的最优序列,从而进行补洞。其参考文献:Piro, Vitor C., et al. “FGAP... 05月17日1,980评论拼接 补洞 阅读全文
Advertisement贝纳基因第二期免费生物信息培训开始报名啦 贝纳基因第二期生物信息培训开始报名啦!欢迎生物圈的朋友们来捧场! 1、本次培训不收取任何费用; 2、本次培训面向全国的生命科学研究领域的老师、研究生; 3、所有讲师都有三年以上生物信息从业经验,在na... 05月19日2,615评论拼接 转录组 阅读全文
Genomics使用 CISA 进行多个 genome Assemblies 的整合 1. CISA 简介 CISA (Contig Integrator for Sequence Assembly). 主要用于细菌基因组(小基因组)的整合。该软件使用简单,算法较好。 CISA 软件官... 03月26日3,361评论基因组组装 拼接 阅读全文
Genomics使用Platanus进行基因组组装 1. platanus 的安装 $ mkdir /opt/biosoft/platanus $ wget http://platanus.bio.titech.ac.jp/Platanus_relea... 03月26日5,231评论基因组 拼接 阅读全文
Genomics使用ABySS进行基因组组装 1. ABySS的安装 安装google-sparsehash $ sudo rpm -ivh http://sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash-2.... 03月26日7,392评论基因组 拼接 阅读全文
Genomics宏基因组测序与分析方法以及问题集锦 随着测序技术的不断发展,宏基因组研究也越来越多。下面整一份从网上收集来的宏基因组研究的资料,与大家分享。为了满足一下不懂宏基因组同学的好奇,顺带从百度百科上取来一份词条作为介绍。 定义 宏基因组 ( ... 12月30日25,5942拼接 测序 阅读全文
GenomicsDNAstar软件的使用(三)Seqman 拼接序列 启动Seqman,点击面板中的Add sequence 按钮添加将要拼接的序列 选中目标序列,点击Add--Done导入目标序列 如果导入的是峰图文件,可以双击文件名会弹出峰形图,通过移动黑色的分... 08月28日12,085评论DNAstar 拼接 阅读全文
Genomicsphred/phrap/consed的安装 获得软件: Phrap/cross_match/swat: Phil Green, phg@u.washington.edu Phred: Brent Ewing, bge@u.washington.... 08月28日1,994评论基因组 拼接 阅读全文
GenomicsTesting SOAPdenovo2 Prerelease – V (map and scaff) We would like to complete our description of SOAPdenovo2 commands and get into more interesting topi... 07月11日2,257评论基因组 拼接 阅读全文
GenomicsTesting SOAPdenovo2 Prerelease – IV SOAPdenovo2 runs through the following steps - (i) generate the de Bruijn graph and store it (‘pregr... 07月06日2,9081 基因组 拼接 阅读全文