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Bioinformatics

使用FGAP进行补洞

1. FGAP简介 FGAP利用BLAST将contigs序列比对到基因组草图序列上,寻找重叠到gap区间的最优序列,从而进行补洞。其参考文献:Piro, Vitor C., et al. “FGAP...
05月17日1,723评论拼接 补洞
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贝纳基因第二期免费生物信息培训开始报名啦

贝纳基因第二期生物信息培训开始报名啦!欢迎生物圈的朋友们来捧场! 1、本次培训不收取任何费用; 2、本次培训面向全国的生命科学研究领域的老师、研究生; 3、所有讲师都有三年以上生物信息从业经验,在na...
05月19日2,548评论拼接 转录组
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Genomics

使用 CISA 进行多个 genome Assemblies 的整合

1. CISA 简介 CISA (Contig Integrator for Sequence Assembly). 主要用于细菌基因组(小基因组)的整合。该软件使用简单,算法较好。 CISA 软件官...
03月26日2,957评论基因组组装 拼接
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Genomics

使用Platanus进行基因组组装

1. platanus 的安装 $ mkdir /opt/biosoft/platanus $ wget http://platanus.bio.titech.ac.jp/Platanus_relea...
03月26日5,012评论基因组 拼接
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Genomics

使用ABySS进行基因组组装

1. ABySS的安装 安装google-sparsehash $ sudo rpm -ivh http://sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash-2....
03月26日6,519评论基因组 拼接
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Genomics

宏基因组测序与分析方法以及问题集锦

随着测序技术的不断发展,宏基因组研究也越来越多。下面整一份从网上收集来的宏基因组研究的资料,与大家分享。为了满足一下不懂宏基因组同学的好奇,顺带从百度百科上取来一份词条作为介绍。 定义 宏基因组 ( ...
12月30日24,0842拼接 测序
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Genomics

DNAstar软件的使用(三)Seqman 拼接序列

启动Seqman,点击面板中的Add sequence 按钮添加将要拼接的序列 选中目标序列,点击Add--Done导入目标序列   如果导入的是峰图文件,可以双击文件名会弹出峰形图,通过移动黑色的分...
08月28日9,451评论DNAstar 拼接
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Genomics

phred/phrap/consed的安装

获得软件: Phrap/cross_match/swat: Phil Green, phg@u.washington.edu Phred: Brent Ewing, bge@u.washington....
08月28日1,747评论基因组 拼接
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Genomics

Testing SOAPdenovo2 Prerelease – V (map and scaff)

We would like to complete our description of SOAPdenovo2 commands and get into more interesting topi...
07月11日2,164评论基因组 拼接
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Genomics

Testing SOAPdenovo2 Prerelease – IV

SOAPdenovo2 runs through the following steps - (i) generate the de Bruijn graph and store it (‘pregr...
07月06日2,7551 基因组 拼接
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