1. FGAP简介 FGAP利用BLAST将contigs序列比对到基因组草图序列上，寻找重叠到gap区间的最优序列，从而进行补洞。其参考文献：Piro, Vitor C., et al. “FGAP...
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贝纳基因第二期免费生物信息培训开始报名啦
贝纳基因第二期生物信息培训开始报名啦！欢迎生物圈的朋友们来捧场！ 1、本次培训不收取任何费用； 2、本次培训面向全国的生命科学研究领域的老师、研究生； 3、所有讲师都有三年以上生物信息从业经验，在na...
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使用 CISA 进行多个 genome Assemblies 的整合
1. CISA 简介 CISA (Contig Integrator for Sequence Assembly). 主要用于细菌基因组（小基因组）的整合。该软件使用简单，算法较好。 CISA 软件官...
Genomics
使用Platanus进行基因组组装
1. platanus 的安装 $ mkdir /opt/biosoft/platanus $ wget http://platanus.bio.titech.ac.jp/Platanus_relea...
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使用ABySS进行基因组组装
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宏基因组测序与分析方法以及问题集锦
随着测序技术的不断发展，宏基因组研究也越来越多。下面整一份从网上收集来的宏基因组研究的资料，与大家分享。为了满足一下不懂宏基因组同学的好奇，顺带从百度百科上取来一份词条作为介绍。 定义 宏基因组 ( ...
Genomics
DNAstar软件的使用（三）Seqman 拼接序列
启动Seqman，点击面板中的Add sequence 按钮添加将要拼接的序列 选中目标序列，点击Add--Done导入目标序列 如果导入的是峰图文件，可以双击文件名会弹出峰形图，通过移动黑色的分...
Genomics
phred/phrap/consed的安装
获得软件： Phrap/cross_match/swat: Phil Green, phg@u.washington.edu Phred: Brent Ewing, bge@u.washington....
Genomics
Testing SOAPdenovo2 Prerelease – V (map and scaff)
We would like to complete our description of SOAPdenovo2 commands and get into more interesting topi...
Genomics
Testing SOAPdenovo2 Prerelease – IV
SOAPdenovo2 runs through the following steps - (i) generate the de Bruijn graph and store it (‘pregr...