小伙伴们，大家好，今天我们来开启一个新的话题，Single cell sequence，近来单细胞测序在探索生物过程、疾病机理等方面展现了前所未有的精度，通过对单细胞进行 DNA 和 RNAseq 我...
单细胞测序教程
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单细胞RNA-seq数据分析最佳实践
Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol. Syst....
CellRanger单细胞转录组分析教程(五) 理解cellranger count的结果
Cellranger的结果力求与常规分析的结果格式相同，比如它生成的 barcoded BAM files 也可以放到IGV中查看比对质量 count结果一般放在out目录下，主要有summary和a...
CellRanger单细胞转录组分析教程(四) Cell Ranger流程概览
总的来说，Cell Ranger主要的流程有：拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze，还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sit...
CellRanger单细胞转录组分析教程(三) 使用初探
首先对上次改好名称的fastq数据进行质控 # 以P2586-4为例 mkdir -p $wkd/qc cd $wkd/qc find $wkd/raw/P2586-4 -name '*R1*.gz'...
CellRanger单细胞转录组分析教程(二) 使用前注意事项
将SRA转为fastq 我们使用fastq-dump这款软件，它是sra-tool中的一个工具，使用conda安装即可 conda install -c bioconda sra-tools 关于这个...
CellRanger单细胞转录组分析教程(一) 数据下载
数据来自2018年9月的NC文章Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of...
跟着官网学习单细胞Monocle3
前言 Monocle的官网在： 版本2：https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#installing-monocle 版本3...
单细胞转录组数据校正批次效应实战（上）
什么是批次效应？ 大型的单细胞测序项目一般都会产生许多细胞，这些样本制备过程很难保持时间一致、试剂一致，另外上机测序的时候也不一定在同一个测序仪上 具体可以看这篇文章：https://www.natu...
单细胞转录组数据校正批次效应实战（中）
第二个数据--CEL-seq2, GSE85241 Muraro et al. (2016) 利用CEL-seq2技术并结合UMI、ERCC得到的 https://www.ncbi.nlm.nih.g...