Single Cell单细胞测序教程 小伙伴们,大家好,今天我们来开启一个新的话题,Single cell sequence,近来单细胞测序在探索生物过程、疾病机理等方面展现了前所未有的精度,通过对单细胞进行 DNA 和 RNAseq 我... 01月07日33,2561 单细胞 单细胞测序 阅读全文
Single Cell单细胞RNA-seq数据分析最佳实践 Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol. Syst.... 12月06日4,174评论RNA-seq 单细胞 阅读全文
Single CellCellRanger单细胞转录组分析教程(五) 理解cellranger count的结果 Cellranger的结果力求与常规分析的结果格式相同,比如它生成的 barcoded BAM files 也可以放到IGV中查看比对质量 count结果一般放在out目录下,主要有summary和a... 11月08日3,472评论CellRanger 单细胞 阅读全文
Single CellCellRanger单细胞转录组分析教程(四) Cell Ranger流程概览 总的来说,Cell Ranger主要的流程有:拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze,还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sit... 11月08日6,280评论CellRanger 单细胞 阅读全文
Single CellCellRanger单细胞转录组分析教程(三) 使用初探 首先对上次改好名称的fastq数据进行质控 # 以P2586-4为例 mkdir -p $wkd/qc cd $wkd/qc find $wkd/raw/P2586-4 -name '*R1*.gz'... 11月08日3,619评论CellRanger 单细胞 阅读全文
Single CellCellRanger单细胞转录组分析教程(二) 使用前注意事项 将SRA转为fastq 我们使用fastq-dump这款软件,它是sra-tool中的一个工具,使用conda安装即可 conda install -c bioconda sra-tools 关于这个... 11月08日6,204评论CellRanger 单细胞 阅读全文
Single CellCellRanger单细胞转录组分析教程(一) 数据下载 数据来自2018年9月的NC文章Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of... 11月08日3,238评论CellRanger 单细胞 阅读全文
Single Cell跟着官网学习单细胞Monocle3 前言 Monocle的官网在: 版本2:https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#installing-monocle 版本3... 11月08日9,331评论Monocle 单细胞 阅读全文
Single Cell单细胞转录组数据校正批次效应实战(上) 什么是批次效应? 大型的单细胞测序项目一般都会产生许多细胞,这些样本制备过程很难保持时间一致、试剂一致,另外上机测序的时候也不一定在同一个测序仪上 具体可以看这篇文章:https://www.natu... 11月07日2,655评论单细胞 批次效应 阅读全文
Single Cell单细胞转录组数据校正批次效应实战(中) 第二个数据--CEL-seq2, GSE85241 Muraro et al. (2016) 利用CEL-seq2技术并结合UMI、ERCC得到的 https://www.ncbi.nlm.nih.g... 11月07日969评论单细胞 阅读全文