Gbrowse SNV突变频率图绘制 Genomics

Gbrowse SNV突变频率图绘制

基因组的某位置,会发生突变,或者说对于多个物种的个体进行测序的话,会发现许多位置不是稳定的只是某个碱基,而应该用频率表示,ACTG出现的频率,如果某个位置有出现两个以上碱基的可能性,我们就将这个位置称...
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基因组拼接常用软件算法介绍 Genomics

基因组拼接常用软件算法介绍

最近在Plos ONE 上看到一篇比较分析基因组拼接软件的文章,该文章列举了目前主流的基因组拼接软件(Genome Assembly),以及相关的算法、使用的数据平台,等等。 下面是软件使用平台和算法...
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velvet使用介绍 Genomics

velvet使用介绍

新一代测序技术组装拼接软件velvet使用简介 目前用于新一代的测序的主要仪器有Illumina/Solexa的Genome Analyzer、ABI的Solid和Roche的454,它们都能高通量的...
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Glimmer3安装与使用 Genomics

Glimmer3安装与使用

一、软件介绍 Glimmer是一款寻找原核生物基因的预测软件,从1.0版本到现在的3.0版本,预测的准确度和速度都已经提高了很多,并且是一个免费开源的软件必须在Linux或者Mac OSX系统上才能使...
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SOAPdenovo拼接参数详解 Genomics

SOAPdenovo拼接参数详解

1. kmer值 kmer值哪个比较好很难说,对不同的数据,用不同的kmer值会有很不同的结果。最好的办法就是测试不同的kmer,然后看结果的N50,找到N50最高的kmer。不过SOAPdenovo...
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