velvet使用介绍 Genomics

velvet使用介绍

新一代测序技术组装拼接软件velvet使用简介 目前用于新一代的测序的主要仪器有Illumina/Solexa的Genome Analyzer、ABI的Solid和Roche的454,它们都能高通量的...
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Glimmer3安装与使用 Genomics

Glimmer3安装与使用

一、软件介绍 Glimmer是一款寻找原核生物基因的预测软件,从1.0版本到现在的3.0版本,预测的准确度和速度都已经提高了很多,并且是一个免费开源的软件必须在Linux或者Mac OSX系统上才能使...
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SOAPdenovo拼接参数详解 Genomics

SOAPdenovo拼接参数详解

1. kmer值 kmer值哪个比较好很难说,对不同的数据,用不同的kmer值会有很不同的结果。最好的办法就是测试不同的kmer,然后看结果的N50,找到N50最高的kmer。不过SOAPdenovo...
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GBrowse之频率直方图 Genomics

GBrowse之频率直方图

GBrowse之频率直方图,有称为频率分布图,Generating Feature Frequency Histograms,用以展示这些统计信息,可以表意以下信息: 不同区段内基因组Gene或者SN...
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gbrowse图形显示配置 Genomics

gbrowse图形显示配置

Gbrowse图谱可以分为三部分,overview,region,details,每一部分都可以显示0到多个的映描(track),对于trace的定义,可以分为以下几部分:  track显示的内容,显...
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用Sequin向NCBI提交序列 Genomics

用Sequin向NCBI提交序列

关于向NCBI提交序列,前面已经有一篇文章介绍《利用BankIt向NCBI提交序列方法》,现在给大家介绍利用Sequin向NCBI提交序列。 关于Sequin可以从这里下载:http://www.nc...
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