无root权限用户安装ABySS方法

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所属分类:Genomics

首先引用一下官方对ABYSS的介绍:

ABySS is a de novo, parallel, paired-end sequence assembler that is designed for short reads. The single-processor version is useful for assembling genomes up to 100 Mbases in size. The parallel version is implemented using MPI and is capable of assembling larger genomes.

在目前比较多的linux服务器上gcc版本是4.1.xd左右,安装编译ABySS会报错,在ABySS的google groups询问,解决方法是升级GCC到4.5.1

编译安装gcc之前需要先安装三个必须的软件,分别下载之:

GMP:

wget ftp://ftp.gmplib.org/pub/gmp-5.0.1/gmp-5.0.1.tar.bz2

解压:tar jxvf gmp-5.0.1.tar.bz2

进入目录:cd gmp-5.0.1

配置:./configure --prefix=$HOME

编译:make

安装:make install

(下面的过程比较相似,只写出配置步骤)

MFPR:

wget http://www.mpfr.org/mpfr-current/mpfr-3.0.0.tar.bz2

./configure --prefix=$HOME --with-gmp=$HOME

MPC:

wget http://www.multiprecision.org/mpc/download/mpc-0.8.2.tar.gz

./configure --prefix=$HOME

在这里我们在配置的时候将安装目录统一指定为$HOME,将程序执行文件,库文件及头文件全部安装在自己的目录下,呵呵,因为没有root嘛

下载新版gcc:

wget http://gcc-uk.internet.bs/releases/gcc-4.5.1/gcc-4.5.1.tar.bz2

./configure --prefix=$HOME --with-gmp=$HOME --with-mpfr=$HOME --with-mpc=$HOME

这样新版的gcc就安装到了我们的home目录,为了默认使用新的gcc修改自己的配置文件例如.bash_profile或.bashrc

gcc升级完毕后我们来安装Google sparsehash,这个软件可以减少内存的使用

wget http://google-sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash-1.9.tar.gz

./configure --prefix=$HOME

现在开始下载安装ABySS:

wget http://www.bcgsc.ca/downloads/abyss/abyss-1.2.5.tar.gz

./configure --enable-maxk=96 --with-mpi --prefix=$HOME CPPFLAGS=-I$HOME/include

设置成允许最大k-mer为96,并行计算mpi支持,安装到home目录,指定google sparsehash头文件所在

编译安装后就可以自己的home目录下$home/bin下找到ABySS的所有可执行命令文件了。

补充;

后来运行abyss-pe进行拼接,设置并行任务数为10,结果一直没有多进程运行,然后安装目录也没有ABYSS-P文件,就groups去问,可能是openmpi的问题,于是重新下载openmpi安装,重新编译ABySS

OpenMPI:

wget http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.4/downloads/openmpi-1.4.3.tar.bz2

./configure --prefix=$HOME --enable-mpi-threads

进到abyss安装目录,重新配置编译:

./configure --enable-maxk=96 --with-mpi=$HOME/lib/openmpi --prefix=$HOME CPPFLAGS=-I$HOME/include

再运行,终于可以多线程并行拼接了~呵呵

参考来源:lidaof的博客(http://blog.sina.com.cn/lidaof)

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目前评论:5   其中:访客  3   博主  1   引用   1

    • avatar 怪羊基德 3

      求问站长,怎么在没有root权限的情况下安装R?

        • avatar ybzhao Admin

          @怪羊基德 目前我是我们服务器的root,所以很久没用普通用户的权限去安装给这些软件了,一些参数设置有些遗忘了。
          但是在安装R的第一步,如果是root的话可以直接运行./configure,之后按照INSTALL文件中的命令的话,有不少文件会被安装到/usr/local这个目录下面。但如果你是普通用户,你没有权限对/usr/local这个目录进行写的操作。所以建议你 运行 ./configure -h 这样你可以看到有一大堆参数选项,你只需要用那些更改安装目录的参数就可以了。 你可以试试。good luck!

          • avatar 爪爪 3

            @怪羊基德 ./configure –prefix /your/path即可
            /your/path是你具有写权限的目录.

        • 来自外部的引用: 1

          • ABySS非root权限安装-Bluesky's blog