BioinformaticsWGS,WES,RNA-Seq与ChIP-seq之间的异同 全外显子(Whole-exome sequencing)测序是啥?转录组(RNA-seq)测序是啥?ChIP-seq又是啥?它们之间有什么差别么?傻傻分不清,不用怕,多学习下就会了,下面让我们一起来从... 12月16日 4,793 评论 阅读全文
Bioinformatics用ImageJ对条带进行定量分析 ImgaeJ是一款比较常用的科研图片分析软件,在之前已介绍过用它来进行细胞计数、不同颜色通道的荧光照片的融合和不规则区域面积的测定等(参见 拓展阅读部分)。 其实,它被广泛用于胶图条带的定量分析,如下... 11月10日 7,406 评论 阅读全文
Bioinformatics蛋白亲疏水性分析工具 氨基酸的疏水性(Hydrophobicity)反映蛋白质的折叠情况,在潜在的跨膜区域会出现疏水区,并且在保持蛋白质的三级结构上(比如维持生物膜的结构)起重要作用。蛋白的亲疏水性(Hydropathic... 11月09日 11,667 评论 阅读全文
Bioinformatics上传测序数据到GEO 首先向大家简单介绍下GEO数据库,它是为了共享基因表达数据而建立的一个在线数据库。很多文章发表都需要上传到GEO数据库,还不赶紧学习下,(*^__^*)。 如果要上传GEO数据库,首先要建立一个NCB... 11月09日 3,499 评论 阅读全文
Bioinformatics如何上传GEO数据库 1、创建账号 如果要上传GEO数据库,首先要创建NCBI帐号, 网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/ 登录成功后,回到GEO的主页,点击 Sub... 11月08日 6,744 1 阅读全文
BioinformaticsCellRanger单细胞转录组分析教程(五) 理解cellranger count的结果 Cellranger的结果力求与常规分析的结果格式相同,比如它生成的 barcoded BAM files 也可以放到IGV中查看比对质量 count结果一般放在out目录下,主要有summary和a... 11月08日 727 2 阅读全文
BioinformaticsCellRanger单细胞转录组分析教程(四) Cell Ranger流程概览 总的来说,Cell Ranger主要的流程有:拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze,还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sit... 11月08日 1,356 评论 阅读全文
BioinformaticsCellRanger单细胞转录组分析教程(三) 使用初探 首先对上次改好名称的fastq数据进行质控 # 以P2586-4为例 mkdir -p $wkd/qc cd $wkd/qc find $wkd/raw/P2586-4 -name '*R1*.gz'... 11月08日 844 评论 阅读全文
BioinformaticsCellRanger单细胞转录组分析教程(二) 使用前注意事项 将SRA转为fastq 我们使用fastq-dump这款软件,它是sra-tool中的一个工具,使用conda安装即可 conda install -c bioconda sra-tools 关于这个... 11月08日 1,924 评论 阅读全文
BioinformaticsCellRanger单细胞转录组分析教程(一) 数据下载 数据来自2018年9月的NC文章Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of... 11月08日 784 评论 阅读全文