全外显子(Whole-exome sequencing)测序是啥？转录组(RNA-seq)测序是啥？ChIP-seq又是啥？它们之间有什么差别么？傻傻分不清，不用怕，多学习下就会了，下面让我们一起来从...
BioinformaticsWGS,WES,RNA-Seq与ChIP-seq之间的异同
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Bioinformatics
Bioinformatics用ImageJ对条带进行定量分析
ImgaeJ是一款比较常用的科研图片分析软件，在之前已介绍过用它来进行细胞计数、不同颜色通道的荧光照片的融合和不规则区域面积的测定等（参见 拓展阅读部分）。 其实，它被广泛用于胶图条带的定量分析，如下...
Bioinformatics蛋白亲疏水性分析工具
氨基酸的疏水性（Hydrophobicity）反映蛋白质的折叠情况，在潜在的跨膜区域会出现疏水区，并且在保持蛋白质的三级结构上（比如维持生物膜的结构）起重要作用。蛋白的亲疏水性（Hydropathic...
Bioinformatics上传测序数据到GEO
首先向大家简单介绍下GEO数据库，它是为了共享基因表达数据而建立的一个在线数据库。很多文章发表都需要上传到GEO数据库，还不赶紧学习下，(*^__^*)。 如果要上传GEO数据库，首先要建立一个NCB...
Bioinformatics如何上传GEO数据库
1、创建账号 如果要上传GEO数据库，首先要创建NCBI帐号， 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/ 登录成功后，回到GEO的主页，点击 Sub...
BioinformaticsCellRanger单细胞转录组分析教程(五) 理解cellranger count的结果
Cellranger的结果力求与常规分析的结果格式相同，比如它生成的 barcoded BAM files 也可以放到IGV中查看比对质量 count结果一般放在out目录下，主要有summary和a...
BioinformaticsCellRanger单细胞转录组分析教程(四) Cell Ranger流程概览
总的来说，Cell Ranger主要的流程有：拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze，还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sit...
BioinformaticsCellRanger单细胞转录组分析教程(三) 使用初探
首先对上次改好名称的fastq数据进行质控 # 以P2586-4为例 mkdir -p $wkd/qc cd $wkd/qc find $wkd/raw/P2586-4 -name '*R1*.gz'...
BioinformaticsCellRanger单细胞转录组分析教程(二) 使用前注意事项
将SRA转为fastq 我们使用fastq-dump这款软件，它是sra-tool中的一个工具，使用conda安装即可 conda install -c bioconda sra-tools 关于这个...
BioinformaticsCellRanger单细胞转录组分析教程(一) 数据下载
数据来自2018年9月的NC文章Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of...