bismark 识别甲基化位点-比对篇 Epigenetics

bismark 识别甲基化位点-比对篇

bismark  软件根据序列的比对情况就可以识别甲基化位点,首先需要对基因组建立索引,建好索引之后,就可以开始比对了。 我用的软件自带的单端测序的数据集进行测试, 命令如下 bismark hg19...
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bismark 识别甲基化位点 Epigenetics

bismark 识别甲基化位点

在bismark中,根据甲基化的C所处的上下文环境,分成以下3类; CpG CHG CHH p代表磷酸二酯键,CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。H代表除了G碱基之外的其他碱基,即A, C, T...
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GATK4基本概念整理 Genomics

GATK4基本概念整理

GATK 是 Genome Analysis ToolKit 的缩写,是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件,是目前最主流的snp calling 软件之一。GATK 设计之初是用于分析人类的全外...
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如何挑选宏基因组样本 Genomics

如何挑选宏基因组样本

在做完16S、18S或ITS等微生物多样性研究后,我们常常还会想进一步了解微生物群落的功能。通常情况下,会采用宏基因组、宏转录组或宏代谢组等方法深入分析,但相对于扩增子测序,宏基因组等测序手段的价格还...
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Motif数据库Jaspar Bioinformatics

Motif数据库Jaspar

R包ggseqlogo 绘制seq logo图和Seq logo 在线绘制工具–Weblogo介绍了如何用R脚本和在线工具绘制seq logo图,用于展现转录因子或修饰酶等结合序列的偏好性。 JASP...
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