浅谈多重检验校正FDR Statistics

浅谈多重检验校正FDR

例如,在我们对鉴定到的差异蛋白做GO功能注释后,通常会计算一个p值。当某个蛋白的p值小于0.05(5%)时,我们通常认为这个蛋白在两个样本中的表达是有差异的。但是仍旧有5%的概率,这个蛋白并不是差异蛋...
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HGVS变异命名规则简介(PPT版本) Genomics

HGVS变异命名规则简介(PPT版本)

规范的命名是基因变异解读中不可或缺的一部分。ACMG变异分类标准建议对变异进行统一的标准化命名以确保定义明确并实现基因组信息的有效共享和下游使用。1998年由人类基因组变异协会(HGVS)、人类变异项...
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GSEA使用事项小结 Bioinformatics

GSEA使用事项小结

最近为了了解下GSEA的算法的整体思路以及软件一些主要参数的具体含义,从头看了下其R代码,由于其R代码是作者在软件早期写的,其功能并不是很完善,但是其核心的思路还是在代码中体现出来了(其实主要还是GS...
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ChIP-Seq分析小实战(一) Epigenetics

ChIP-Seq分析小实战(一)

ChIP-Seq分析小实战(一) ChIP-Seq分析小实战(二) ChIP-Seq分析小实战(三) ChIP知识点的梳理 ChIP属于表观遗传学中的一门技术,我第一次了解表观遗传学是通过一本叫遗传的...
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用snpEFF对vcf格式的突变数据进行注释 Genomics

用snpEFF对vcf格式的突变数据进行注释

这个软件比较重要,尤其是对做遗传变异相关研究的,很多人做完了snp-calling后喜欢用ANNOVAR来进行注释,但是那个注释还是相对比较简单,只能得到该突变位点在基因的哪个区域,那个基因这样的信息...
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用samr包对芯片数据做差异分析 Transcriptomics

用samr包对芯片数据做差异分析

本来搞差异分析的工具和包就一大堆了,而且limma那个包已经非常完善了,我是不准备再讲这个的,正好有个同学问了一下这个包,我就随手测试了一下,顺便看看它跟limma有什么差异没有!手痒了就记录了测试流...
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二代测序的barcode/index Bioinformatics

二代测序的barcode/index

二代测序二代测序是做什么的 如何选择好的barcode barcode组合举例 建库测序时barcode是如何发挥作用的 barcode,也叫index,在二代测序里面是用于区分不同样品的。为了避免概...
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