泛基因组

  • A+
所属分类:Glossary

2005年,Tettelin等人提出了微生物泛基因组概念(pan-genome,pan源自希腊语‘παν’,全部的意思),泛基因组即某一物种全部基因的总称,包括核心基因组(core genome),在所有菌株中都存在的基因;以及非必须基因组(dispensable genome), 在部分菌株中存在的基因。在实际研究中,有时候,泛基因组也可以分成核心基因组(在所有菌株中都存在的基因)、非必须基因组(在2个以及2个以上的菌株中存在的基因),以及菌株特有基因(strains-specific  gene,仅在某一个菌株中存在的基因)。

根据物种的泛基因组大小与菌株数目的关系,将物种的泛基因组分为开放型泛基因组(open)和闭合型泛基因组(close)。开放型的泛基因组是指,随着测序的基因组数目的增加,物种的泛基因组大小也不断增加。闭合性的泛基因组是指,随着测序的基因组数目增加,物种的泛基因组大小增加到一定的程度后收敛于某一值。

avatar

发表评论

:?: :razz: :sad: :evil: :!: :smile: :oops: :grin: :eek: :shock: :???: :cool: :lol: :mad: :twisted: :roll: :wink: :idea: :arrow: :neutral: :cry: :mrgreen: