为什么说FPKM/RPKM是错的 Transcriptomics

为什么说FPKM/RPKM是错的

去年,我接触了一个RNA-seq的项目,做完之后,我重新思考了FPKM和RPKM的计算,觉得它们很可能是不对的,后来查阅了一些文献终于验证了我的想法。现在我重新将这个过程记录下来: 1. FPKM和R...
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RNA-seq的标准化方法 Transcriptomics

RNA-seq的标准化方法

对于RNA-seq而言,由于 技术误差, 测序深度不同, 基因长度不同,为了能够比较不同的样本,比较不同的基因的表达量,以及使表达水品分布符合统计方法的基本假设,就需要对原始数据进行标准化。 对于一个...
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RPKM, FPKM, TPM区别 Transcriptomics

RPKM, FPKM, TPM区别

在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行標准化(normalization)是一个极其重要的步骤,因为落在一个基因区域內的read counts数目取决於基因长度和测序...
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统计BAM文件中的reads数 Bioinformatics

统计BAM文件中的reads数

当完成测序的比对工作之后,我们得到了bam/sam文件。那么,如何得到reads的统计数据呢? 这有很多途径: 1.读取日志文件。对于bowtie的日志,其中会包括如下的描述: 31991083 re...
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