# 下载并安装比对软件bowtie2 cd ~/src # Mac OSX上用： curl -OL http://downloads.sourceforge.net/project/bowtie-bi...

有趣的是，大部分的short read比对工具都是由中国人写出来的。因此可以说华大基因（BGI， Beijing Genomics Institute, Chinese Academy of Scie...

SAM是一种序列比对格式标准， 由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果。 不同的软件，不同的时期，不同...

目前有不少用于基因组装配和比对的程序和算法，但是该选哪一个呢？许多序列分析的专家认为，这取决于基因组的大小、读取有多长，以及采用的是哪种测序技术。通常，软件还需要优化，以满足每个实验室的独特需求。在此...

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools....

bwa的使用需要两中输入文件： Reference genome data（fasta格式 .fa, .fasta, .fna） Short reads data (fastaq格式 .fastaq,...

BWA的安装 1.下载BWA [code lang="bash"]wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.5.9rc1.tar...