经过了第四节的长文，我想大家基本上已经知道了一个WGS流程该如何构建起来了吧。但在那一节中限于篇幅有两个很重要的文件我没能展开来讲，分别是：BAM和VCF文件。这篇我们先说BAM文件。 什么是BAM ...
Genomics
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Bioinformatics
如何使用deeptools处理BAM数据
总体介绍 deeptools是基于Python开发的一套工具，用于处理诸如RNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq, ATAC-seq等高通量数据。工具分为四个模块 BAM和bigWi...
Bioinformatics
如何从BAM文件中提取fastq
虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件，但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。最开始我认为这是一个非常简单的操作，因为samtools其实已经提供了...
Bioinformatics
统计BAM文件中的reads数
当完成测序的比对工作之后，我们得到了bam/sam文件。那么，如何得到reads的统计数据呢？ 这有很多途径： 1.读取日志文件。对于bowtie的日志，其中会包括如下的描述： 31991083 re...
Bioinformatics
SAM/BAM文件处理
当测序得到的fastq文件map到基因组之后，我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件...
Bioinformatics
Tablet:Next Generation Sequence Assembly Visualization
Tablet is a lightweight, high-performance graphical viewer for next generation sequence assemblies a...