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首页bam
Genomics

从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第5节 理解并操作BAM文件

经过了第四节的长文,我想大家基本上已经知道了一个WGS流程该如何构建起来了吧。但在那一节中限于篇幅有两个很重要的文件我没能展开来讲,分别是:BAM和VCF文件。这篇我们先说BAM文件。 什么是BAM ...
02月27日11,755评论bam
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Bioinformatics

如何使用deeptools处理BAM数据

总体介绍 deeptools是基于Python开发的一套工具,用于处理诸如RNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq, ATAC-seq等高通量数据。工具分为四个模块 BAM和bigWi...
01月25日7,545评论bam deeptools
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Bioinformatics

如何从BAM文件中提取fastq

虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件,但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。最开始我认为这是一个非常简单的操作,因为samtools其实已经提供了...
01月25日4,722评论bam fastq
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Bioinformatics

统计BAM文件中的reads数

当完成测序的比对工作之后,我们得到了bam/sam文件。那么,如何得到reads的统计数据呢? 这有很多途径: 1.读取日志文件。对于bowtie的日志,其中会包括如下的描述: 31991083 re...
02月08日19,300评论bam FPKM
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Bioinformatics

SAM/BAM文件处理

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件...
01月08日21,4531 sam samtools
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Bioinformatics

Tablet:Next Generation Sequence Assembly Visualization

Tablet is a lightweight, high-performance graphical viewer for next generation sequence assemblies a...
06月08日1,736评论sam 可视化
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