再点击File---Entersequeces
这是文件导入后的界面
点Align选择序列比对的算法,其中多序列比对有三种算法:The
“The
ClustalW
“CLUSTALW 是一种渐进的多序列比对方法,先将多个序列两两比对构建距离矩阵,反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树,
红色区域表示的是相似性最高的区域,蓝色和绿色是同源性较低的区域;
多序列比对的一个缺点就是不会自动对序列反向互补后再比对,所以反向互补后同源性高的序列检测不出来。如下图中的20.p0和20.p6其实是同一模板的两个方向的测序结果,像这种需要用到两两比对(One
One
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