如何从BAM文件中提取fastq Bioinformatics

如何从BAM文件中提取fastq

虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件,但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。最开始我认为这是一个非常简单的操作,因为samtools其实已经提供了...
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统计BAM文件中的reads数 Bioinformatics

统计BAM文件中的reads数

当完成测序的比对工作之后,我们得到了bam/sam文件。那么,如何得到reads的统计数据呢? 这有很多途径: 1.读取日志文件。对于bowtie的日志,其中会包括如下的描述: 31991083 re...
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SAM/BAM文件处理 Bioinformatics

SAM/BAM文件处理

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件...
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