序列以及序列比对中常见术语 Glossary

序列以及序列比对中常见术语

有些你看着知道,其实让你说,又说不出多少;有些你以为自己知道,但你不知道自己仅仅了解了其中的一部分。许多概念,虽说只是一个词,但是其背后是一个专业的领域模型,每一个概念在不同的环境有着不同的故事,看见...
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FastQ格式介绍 Glossary

FastQ格式介绍

为了便于测序数据的发布和共享,高通量测序数据以FASTQ 格式来记录所测的碱基读段和质量分数.如下图 所示,FASTQ 格式以测序读段为单位存储,每条读段占4 行,其中第1 行和第3行由文件识别标志和...
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454 GS FLX测序原理 Glossary

454 GS FLX测序原理

454生命科学公司所研发的新一代测序平台基于光纤微流体技术和包裹了待测DNA片段的乳化液滴技术(炸药中的表面活性剂来维持乳液的热稳定性)。基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Se...
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Fasta格式说明 Glossary

Fasta格式说明

序列的Fasta格式是最经常看到的格式之一。下面简介说明一下什么是FASTA格式。 Fasta格式开始于一个标识符:">",然后是一行描述,下面是一行行的序列。每一行最好不要超过80个字母。 如...
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泛基因组 Glossary

泛基因组

2005年,Tettelin等人提出了微生物泛基因组概念(pan-genome,pan源自希腊语‘παν’,全部的意思),泛基因组即某一物种全部基因的总称,包括核心基因组(core genome),在...
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RPKM简介 Glossary

RPKM简介

RNA-seq是透过次世代定序的技术来侦测基因表现量的方法,在衡量基因表现量时,若是单纯以map到的read数来计算基因的表现量,在统计上是一件相当不合理事,因为在随机抽样的情况下,序列较长的基因被抽...
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决策与风险(统计推断与检验) Glossary

决策与风险(统计推断与检验)

/*读书笔记,白话统计系列,力图用普通话讲述统计学的基本概念。这里的题目是“决策与风险”,讲的就是两类错误(type I and type II errors)。以下改编至维恩堡《数理统计初级教程》(...
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