一、安装 下载 http://www.mothur.org/wiki/Download_mothur， 我下载的是中间那个，但不知道最后一个的readline是干嘛的，有高手可以指点下。 下载后得到压...
基因组标准注释文件-Gencode数据库
Gencode数据库是ENCODE计划的衍生品，也是由大名鼎鼎的sanger研究所负责整理和维护，主要记录了基因组的功能注释，比如基因组每条染色体上面有哪些编码蛋白的基因，哪些假基因，哪些lncRNA...
PacBio：你了解多少？
原文作者：陈巍学基因; 原文标题《PacBio单分子超长测序》部分图片PLoB有修改 测序原理： 1. 用4种荧光分别标记4种dNTP 2. 在测序芯片的底部做出许多用与入射光波长相应的小孔，特定的孔...
VCF格式详解
CHROM(chromosome):染色体 POS - position:参考基因组variant碱基位置，如果是INDEL（插入缺失），位置是INDEL的第一个碱基位置 ID - identifie...
基因突变的命名规则和表示方法
人类基因组变异协会（HGVS：Human Genome Variation Society）规则是目前学术界所公认的突变命名规则。 置换（>）：一个核苷酸被另一个核苷酸替代，使用“>”来表...
CpGAT：基因组自动注释pipeline
PlantGDB's Comprehensive plant Gene Annotation Tool (CpGAT) workflow allows users to annotate any ge...
DISCOVAR的使用
1. DISCOVAR简介 DISCOVAR 是有 ALLPATHS-LG 软件开发团队做出来的软件。主要用于利用 PE 250bp 数据与参考基因组的比对结果，对基因组进行 Variants cal...
dominant negative effective在基因突变中的潜在作用
在前段时间基迪奥的一位技术员和一个研究突变的老师交流谈起一个奇怪的现象： 1）材料是一个点突变体，突变没有显著改变目标基因的表达量，但新产生了两种可变剪切，即可能产生两种新的蛋白质同源异构体(isof...
使用 ICORN 进行基因组核苷酸的修正
1. ICORN 简介 ICORN (Iterative Correction Of Reference Nucleotides), 能通过将 reads 比对到基因组，从而修正 SNP 和 小于 3...
使用 Edena 进行基因组组装
1. 简介 Edena 是一个基于 overlaps–graph-based 的 de novo assembler。仅能很好地使用 Illumina 数据进行基因组组装。软件能使用 direct-r...