重新开始更新我的博客。 这一周主要就在纠结怎么用HTSeq计算read count。最初尝试使用linux服务器，最后没安装成功。换过mac，还是不成功。最后只好选择在window下安装的方法。 安装...

首先的问题的是，我们需要什么样的计算机。 关于硬件， 需要至少4G内存，最好可以达到16G以上内存； 至少500G硬盘空间。通常一个RNA-seq的数据量为20G左右，如果再加上分析之后的结果，可能达...

当二代测序的原始数据拿到手之后，第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc (http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projec...

下面是2013年SCI杂志的影响因子，生物信息相关部分。提取出来供大家分享： 图片版部分，点击查看大图：

一. 简介 Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。 二. 安装 C...

（首先推荐public Library of Bioinformatics的《SAM格式》和《Bowtie2使用方法与参数详细介绍》两篇文章，有不足处希望大家提出） 1，简介： 文件后缀名:.sam ...

1，简介： 文件后缀名:.sam Bismark是一种基于Bowtie的分析BS-Seq(一种甲基化测序方法)数据的软件，包括read mapping和methylation calling。其中re...

生物信息学科研人员招聘 大 连医科大学肿瘤干细胞研究院正在筹建一个基因组学及个体化医疗研究中心，运用深度测序（deep sequencing or next generation sequencing...

每次数据因为没有很好的归一化的方法都让我没办法对数据进行很好的分析，现在我总结了一下常见的归一化的一些方法、公式： 归一化方法（Normalization Method） 1。 把数变为（0，1）之间...

MEME是用于从一堆序列中搜索功能结构域的工具。比如说当你拿到了许多CHIP-chip或者CHIP-seq的数据，当分析出峰所处的位置之后可以得到一些这些峰所代表的序列，这就是蛋白质与DNA相到作用所...