Ensembl数据库在线网页工具biomart简单教程

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所属分类:Bioinformatics

这个工具主要是针对不会bioperl不会API调取数据的生信纯菜鸟准备的,主要是方便大家批量研究某些感兴趣的基因,需要准备的数据就是基因名或者基因的ID号,能从该网站获取的资料非常多,可以是关于你的输入的基因名的各种数据库有的信息。

http://www.ensembl.org/biomart/

第一步:选取数据库,我一般选取人的

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第二步,选择上传数据的格式

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这个下拉框里面可以选取很多种格式,你随便张贴进去哪一种格式的基因ID都可以,也可以把做好的ID文件上传进去,批量获取基因信息。

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我这里输入的是几个免疫基因。

第三步,选择下载数据的格式

首先可以选择你上传的gene的可以转换的各种ID

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然后可以选择你上传的gene的各种序列

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可以选择的信息非常多,基本上可以想到的转换在这里都能做!!!

但是,始终没有脚本方便,只适合不太懂编程的菜鸟使用!

然后点击result即可,看到结果还可以导出成txt文档,点击右上角的GO即可

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原文来自:http://www.bio-info-trainee.com/545.html

ybzhao

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