Transcriptomics

GSEA使用介绍

在前面的《GSEA简介》中,简单介绍GSEA,以及GSEA分析调用的后台数据库MsigDB。下面简单介绍GSEA的使用。 第一步、下载GSEA软件: 下载地址:http://software.broa...
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Transcriptomics

GSEA简介

基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)的基本思想是使用预定义的基因集(通常来自功能注释或先前实验的结果),将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序,然...
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Bioinformatics

Cytoscape作图介绍

Cytoscape 的核心是网络,简单的网络图包括节点(node)和边(edge),每个节点可以是基因、miNRA或OTU等等;节点与节点之间的连接 (edge) 代表着这些节点之间的相互作用,包括蛋...
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Bioinformatics

如何用Cytoscape提升文章档次

做完microRNA芯片测序之后预测microRNA的靶基因,筛选重要的靶基因进行验证是研究中的常见套路,做出结果后写到文章Result里大致如下。 如果我是审稿人,看到这么干巴巴的一段话肯定心情烦躁...
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Script

ggplot2入门与进阶

ggplot2包是基于Wilkinson在《Grammar of Graphics》一书中所提出的图形语法的具体实现, 这套图形语法把绘图过程归纳为data, transformation, scal...
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Script

如何使用 ggplot2

作者:黄宝臣 链接:https://www.zhihu.com/question/24779017/answer/38750383 来源:知乎 著作权归作者所有,转载请联系作者获得授权。 总结来说有以...
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Statistics

置换检验(Permutation Test)

我们一般平时较为常用的检验要属有参检验,但是其要求样本必须满足近似正态,无离群点,数据量大等要求;而有些时候其实很难都满足以上前提条件,则这时需要使用无参检验,其只关注数据的秩,但是无参检验有时也无法...
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Genomics

ANNOVAR 注释软件

ANNOVAR简介 ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件,可以对SNP和indel进行注释,也可以进行变异的过滤筛选。 ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。主要包含三种不...
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