1. ICORN 简介 ICORN (Iterative Correction Of Reference Nucleotides), 能通过将 reads 比对到基因组，从而修正 SNP 和 小于 3...
使用 Edena 进行基因组组装
1. 简介 Edena 是一个基于 overlaps–graph-based 的 de novo assembler。仅能很好地使用 Illumina 数据进行基因组组装。软件能使用 direct-r...
使用 CISA 进行多个 genome Assemblies 的整合
1. CISA 简介 CISA (Contig Integrator for Sequence Assembly). 主要用于细菌基因组（小基因组）的整合。该软件使用简单，算法较好。 CISA 软件官...
使用 L_RNA_scaffolder 进行转录组序列对基因组序列的 rescaffolding
1. L_RNA_scaffolder简介 L_RNA_scaffolder能利用长的转录子序列来辅助基因组的scaffolding拼接。这些长的转录子序列可以是454/sanger/Ion_Torr...
使用 musket 进行 reads correction
1. musket 简介 Musket is a an efficient multistage k-mer spectrum based corrector for illumina short r...
使用 SSPACE 进行 scaffoding
SSPACE 能利用 paired reads 的比对结果，将 contigs 或 scaffolds 连接成 scaffolds。其参考文献：Boetzer M, Henkel C V, Janse...
使用 SPAdes 进行基因组组装
1. SPAdes 简介 SPAdes 主要用于进行单细胞测序的细菌基因组组装，当然也能用于非单细胞测序数据。输入数据可以是 Illumina、IonTorrent reads,或 PacBio、Sa...
使用 PASHA 进行基因组组装
1. PASHA 简介 并行化运算，速度快的基因组组装软件。 2. PASHA 的下载和安装 $ wget http://cznic.dl.sourceforge.net/project/pasha/...
使用Platanus进行基因组组装
1. platanus 的安装 $ mkdir /opt/biosoft/platanus $ wget http://platanus.bio.titech.ac.jp/Platanus_relea...
使用ABySS进行基因组组装
1. ABySS的安装 安装google-sparsehash $ sudo rpm -ivh http://sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash-2....