甲基化测序方法有多种，以上列举了十几种，相信这也使大家经常会用到的种类，其中不知包含了甲基化研究的方法，还包含了羟甲基化的研究方法，当然现有的羟甲基化研究手段还不是很成熟，至少在我接触到的老师当中，很...

PlantGDB's Comprehensive plant Gene Annotation Tool (CpGAT) workflow allows users to annotate any ge...

差异分析的套路都是差不多的，大部分设计思想都是继承limma这个包，DESeq2也不例外。 DESeq2是DESeq包的更新版本，看样子应该不会有DESeq3了，哈哈，它的设计思想就是针对count类...

1. DISCOVAR简介 DISCOVAR 是有 ALLPATHS-LG 软件开发团队做出来的软件。主要用于利用 PE 250bp 数据与参考基因组的比对结果，对基因组进行 Variants cal...

一. 简介 Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。 二. 安装 C...

1、对数变换 即将原始数据X的对数值作为新的分布数据： X’=lgX 当原始数据中有小值及零时，亦可取X’=lg（X+1） 还可根据需要选用X’=lg（X+k）或X’=lg（k-X） 对数变换常用于（...

仪器升级： Hiseq 2500是Hiseq 2000的升级版。 其主要的改进点是：Hiseq 2500可以在快速、高通量两种模式之间切换。高通量模式就是原来的Hiseq2000的每张Flowcell...

在前段时间基迪奥的一位技术员和一个研究突变的老师交流谈起一个奇怪的现象： 1）材料是一个点突变体，突变没有显著改变目标基因的表达量，但新产生了两种可变剪切，即可能产生两种新的蛋白质同源异构体(isof...

1. Variant Calling GATK在这一步里面提供了两个工具进行变异检测——UnifiedGenotyper和HaplotypeCaller。其中HaplotypeCaller一直还在开发...

这一步主要是对上面所得到的最终vcf中的结果进行一些初步的分析，比如计算这些变异位点在dbsnp中的比例、Ti/Tv的比例、每个样本中的snp数量……。此外，还可以对变异位点的同义/非同义突变进行统计...