Bioinformatics

HMMER学习笔记

简单的讲HMMER就是一款比对软件,可以类似于blast等,但是它提供的比对结果要精确于blast,相应的速度也要慢。与其类似的比对软件有PSI-blast、SAM、PFTOOLS等。 用途一:对于一...
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Single Cell

生物组织内细胞通讯

在多细胞生物组织内,细胞往往通过介质将发送的信息传递给其他细胞。信息一旦发出,其他细胞会做出三种反应:响应、无响应和接收不到。这种模式非常类似于我们用电话跟其他人打电话时的场景,当我们拨打电话之后,对...
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Bioinformatics

SignalP 5.0 信号肽预测

信号肽(signal peptides) SignalP是目前应用最广泛的氨基酸序列信号肽在线预测工具,预测给定的氨基酸序列中是否存在潜在的信号肽剪切位点及其所在未知。最新的版本是SignalP 5....
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Machine Learning

5种常见的聚类方法

人工智能很大程度上是对未知输入的分类判别, 聚类是一种将数据点按一定规则分群的机器学习技术。 这里介绍5种常见的聚类方法: ▌K-均值聚类 k均值聚类是最著名的划分聚类算法,由于简洁和效率使得他成为所...
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Genomics

基因组变异检测概述

首先,在开始之前我觉得有必要稍微科普缓冲一下,以便不使得不熟悉生物信息或基因组的客官们疑惑。 1.基因组:每个人都有一个基因组,这里的“基因组”并不只是“基因”的集合,基因是控制性状的遗传单元(什么是...
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Statistics

置换检验(Permutation test)

Permutation test,也称置换检验,随机化检验或重随机化检验,是大牛Fisher首次提出的。由于Permutation test检验计算量大而限制了其应用和推广,以致不为人熟知。现在由于计...
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