从质谱实验到数据分析—蛋白质组学2013年暑期综合培训班

从质谱实验到数据分析—蛋白质组学2013年暑期综合培训班

时间:2013/07/29 - 2013/08/01
地点:复旦大学生物医学研究院 上海市徐汇区医学院路138号
收费标准:工业6000元/人,学术、科研人员5000元/人,学生3800元/人
注册信息: 立即注册
内容介绍:
主办单位:   复旦大学生物医学研究院              康昱盛科技有限公司

 

协办单位:   Matrix Science Ltd.

Proteome Software Inc.

Nonlinear Dynamics Ltd.

Ingenuity Systems Inc.

 

组委会主席: 杨芃原 教授/院长 复旦大学生物医学研究院

林建成 CEO  康昱盛科技有限公司

 

 

内容介绍及日程安排:

 

由于蛋白质组学研究领域的实验方法和数据分析需要基于昂贵的实验仪器,并结合专业的软件工具和数学算法,其技术的发展又非常迅猛,这就给从事或即将进入该领域的科研工作者提出了更高的要求,需要更加系统地学习和掌握从样品制备、仪器操作、数据处理、数据分析,以及到组学后信息挖掘这一系列的流程和技术,才能更好地基于特定的生物学问题设计实验方案,选择合适的分离手段和质谱类型,并基于对应的数据分析工具,得到更准确更有说明力的生物学结论。本次培训班就是专门针对蛋白质组学的科研工作者,从最初的实验设计、样品制备,到最终的数据分析和信息整合与挖掘,提供一个非常全面且专业的综合性培训课程,帮助大家系统地学习这一整套流程的关键技术和方法,让您的知识储备和技术储备更全面更深入!

 

本次培训班的组织者是具有国际一流实验平台和科研队伍的复旦大学生物医学研究院,以及专业提供国际领先的蛋白质组学数据分析软件平台和解决方案的康昱盛科技有限公司。负责培训的讲师均是工作在第一线的质谱实验老师,以及具有丰富的数据分析经验的应用科学家。顺利完成本次培训的参会者,将会得到由复旦大学生物医学研究院及康昱盛科技有限公司联合颁发的培训证书。

 

本次培训涉及的仪器平台包括:AB 5800,AB 4000Q, AB 5600, AB QSTAR ELITE,Thermo Orbitrap, Thermo Q-Exactive;涉及的软件分析平台包括:蛋白质谱鉴定工具Mascot Server, 标记定量软件Mascot Distiller,非标记定量分析软件Progenesis LC-MS, 蛋白鉴定及定量的多组数据整合和评估软件Scaffold & Scaffold Q+S,翻译后修饰评估软件Scaffold PTM,生物通路分析平台Ingenuity Pathway Analysis (IPA)。培训的详细日程安排如下:

 

2013年7月29日星期一 质谱实验及数据分析综述性介绍

 

时间              9:00 – 9:30

主题              组委会主席开场致辞

 

时间              9:30 – 10:00

主题              Proteomics的基本报告

介绍中国蛋白质组学界的基本情况,CnHUPO的基本信息

 

时间              10:00 – 10:30

主题              质谱相关背景介绍

介绍分析技术相关的最新进展,包括质谱硬件技术和分析技术

 

时间              10:45 – 12:00

主题              质谱数据产生后的生物信息学进展报告

介绍组学后生物通路分析,以及其它信息挖掘技术

 

时间              13:30 – 14:30

主题              蛋白质组学样品准备及处理要点

介绍常规样品处理的注意点:包括细胞/组织/体液/细菌微生物/植物等从样品准备到蛋白提取等步骤

 

时间              14:30 – 15:30

主题              色谱/质谱日常维护使用

介绍MALDI/LCMS,色谱质谱等相关仪器的使用、维护要点,以及常见问题的案例解决介绍

 

时间              15:45 – 17:00

主题              蛋白质组学实验设计方案介绍

结合常用技术包括MALDI/SELDI/DIGE技术、MRM,SWATH等新技术、常规LCMS鉴定、 标记非标记定量、相互作用蛋白的富集和分析、翻译后修饰蛋白的富集和分析等方面介绍这些技术分别的应用范围和技术特点,及各自擅长解决的问题。

 

 

2013年7月30日星期二 蛋白质鉴定的实验流程和数据分析

 

时间              9:00 – 9:30

主题              搜库基本原理介绍

基于Mascot,介绍蛋白质质谱谱图到蛋白的分析原理和大致过程

 

时间              9:30 – 10:00

主题            Mascot的基本功能介绍

介绍mascot发展和基本功能、界面、应用等

 

时间              10:00 – 10:45

主题              数据库介绍、基本配置

蛋白质数据库基本介绍,基于Mascot的数据库配制方法和练习

 

时间              11:00 – 11:30

主题              Mascot搜索相关参数介绍

详细介绍Mascot Server搜库的参数设置

 

时间              11:30 – 12:00

主题              Mascot搜索基本练习

 

时间              13:30 – 14:30

主题              2DGEL MALDI,SELDI,DIGE等top-down技术的搜库介绍

基于5800等MALDI技术的基本介绍和相关注意要点,包括2D PAGE, DIGE技术联用MALDI质谱;SELDI, MALDI Imaging技术介绍

 

时间              14:30 – 15:30

主题              2D PAGE, DIGE等图像处理技术介绍

结合Progenesis SameSpots介绍相关的图像处理算法和软件平台

 

时间              15:45 – 16:15

主题              bottom-up技术LCMS的介绍

基于LCMS的蛋白鉴定,包括1D SDS-LCMS,2DLCMS,GPF-LCMS,MRM,SWATH等技术的介绍

 

时间              16:15 – 17:00

主题              LCMS数据的特点及预处理方法

结合Progenesis LCMS质控及校正、mascot distiller预处理、daemon介绍及批处理介绍LCMS数据的前期处理方法

 

 

2013年3月6日星期三 各种标记定量实验及数据分析

 

时间              9:00 – 10:30

主题              基于LCMS的蛋白鉴定方法介绍

介绍LCMS的蛋白搜库方法,结合Mascot,Distiller处理结果解读及Scaffold 的后续处理。

相关练习

 

时间              10:45 – 11:30

主题              标记定量方法介绍

化学标记、代谢标记技术基本介绍,样品处理要点、质谱相关处理要点

 

时间              11:30 – 12:00

主题              化学试剂标记的数据处理介绍

基于mascot的参数设置要点和练习

 

时间              13:30 – 14:00

主题              代谢标记技术介绍

代谢标记技术介绍,实验要点、质谱相关要点。

 

时间              14:00 – 15:30

主题              代谢标记数据分析介绍

结合distiller设置介绍代谢标记数据分析过程及练习

 

时间              15:45 – 16:30

主题              糖组学研究进展和数据分析报告

 

时间              16:30 – 17:00

主题              蛋白质相互作用实验技术要点分析

 

 

2013年3月7日星期四 非标记定量实验及数据分析

 

时间              9:00 – 9:30

主题              非标记定量介绍

非标记定量方法介绍,scaffold非标定量简单介绍

 

时间              9:30 – 10:30

主题              基于MS1定量的非标定量介绍

基于Progenesis LCMS的非标定量介绍和练习

 

时间              10:45 – 11:30

主题              翻译后修饰介绍

翻译后修饰富集技术介绍和数据分析

 

时间              11:30 – 12:15

主题              数据分析练习和交流

 

时间              13:30 – 17:00

主题              培训答疑及实验室参观

 

如何报名

如果您计划参加,请填好回执Email发给如下的邮件地址或通过Email、电话:

Email:marketing@cloudscientific.com

电话: 021- 54975000

传真: 021-64326060-8004

 

或者您也可以通过我们的网站直接报名:

http://www.cloudscientific.com/Training.asp?Ch_ID=45

 

 

价格及相关事项

  1. 1.<spa, n="">       课程资料将以打印文件的形式分发到参会者手中,若有做笔记的需要,请自带笔和本子。
  2. 请参加人员自备笔记本电脑,(Intel内核,DVD光驱,及WiFi无线网络端口)。DVD光驱用于运行培训中涉及到的几个软件工具,无线网络用于连接Matrix Science公共的Mascot服务器。
  3. 收费标准为工业6800元/人,学术、科研人员5500元/人,学生4300元/人。

2013年7月1日前报名并付款,可享受特别优惠价:工业6000元/人,学术、科研人

员5000元/人,学生3800元/人。

 

撤销注册及申请退款

已经付款的参会员,若临时有事不能前往,提前45天以上通知我们,可退还50%的费用;提前一个月以上通知,可退还20%的费用。培训前开始前一个月则不再接受退款申请,您可以邀请其它同事代替您参加。

 

付款方式:

网上汇款或银行转账

我司银行卡的信息为:

户名:上海康昱盛信息科技有限公司

帐号:31001632504052511198

开卡银行:建行上海体育场支行

 

如果您是柜台转账,请把转账票据传真给我们。传真号是:021-64326060-8004

如果您是网上转帐,请截取相关的图片发邮件给我们。邮箱地址:marketing@cloudscientific.com

收到款后我们会与您电话或E-mail确定。培训当天我司会根据您的要求为您开据发票。

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