SMART技术给力新一代测序

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所属分类:Bioinformatics

摘要:

很多公司都为新一代测序的文库制备推出了新产品,Clontech也是其中的一个。它利用其招牌的SMART技术,推出了一款试剂盒——SMARTer Ultra Low RNA Kit for Illumina Sequencing。此款试剂盒是与Illumina公司共同开发的,它为生成与Illumina测序仪兼容的总RNA文库提供了一个简单高效的方案。

新一代测序在近几年获得了飞速发展,测序本身的速度是越来越快了,但瓶颈却变成文库制备和数据分析。很多公司都为新一代测序的文库制备推出了新产品,Clontech也是其中的一个。它利用其招牌的SMART技术,推出了一款试剂盒——SMARTer Ultra Low RNA Kit for Illumina Sequencing。此款试剂盒是与Illumina公司共同开发的,它为生成与Illumina测序仪兼容的总RNA文库提供了一个简单高效的方案。

SMART技术是一种高效合成全长cDNA的技术。它的原理如下:当反转录酶到达mRNA模板末端时,自动在新合成的cDNA末端添加几个(dC)。SMART Oligo末端的(dG)与dC互补后,反转录酶会自动转换模板延伸cDNA单链,直到SMART Oligo的末端。这样得到的所有cDNA单链都含有已知的引物序列,利用已知的引物序列可以方便地进行PCR或T7体外转录扩增。

两年前,SMART升级成为SMARTer技术,采用SMARTer II A 寡核苷酸及SMARTScribe逆转录酶。在与新的SMARTer寡核苷酸共同使用时,SMARTScribe逆转录酶的模板转换能力增强了;无论模板的大小或丰度,都更有可能合成高质量、全长的cDNA。

SMART

SMARTer Ultra Low RNA Kit正是利用改进版的SMARTer技术,实现了低至100 pg RNA的转录组分析。Clontech SMART技术与Illumina测序技术的整合产生了最为灵敏的样品制备流程,能帮助您发现转录本变体,鉴定剪接点以及确定转录本的相对丰度。

现在您只需要极少量的起始材料,显微切割组织、激光捕获细胞或生物活检样品都没问题。低至0.1 ng(100 pg)已足以产生一个高代表性的cDNA pool,用于文库构建和Illumina测序仪(包括HiSeq 2000)上的测序。尽管起始RNA可能相差很大,但通过调整PCR循环数,可获得可比的DNA产量。

SMART技术的另一个优点是只要单管,一步即可完成,不需要额外的cDNA抽提纯化或者沉淀,或者额外的酶反应,让宝贵RNA降解的风险降至最低。

Clontech的总经理Carol Lou表示:“转录组学正在快速成为生物医学研究人员的重要工具,但目前它的使用仍受到样品量限制。作为SMART技术的开发者,Clontech很高兴与Illumina合作,开发出这样一个试剂盒,让研究人员能够从极少量RNA中获得转录组信息。”

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