1. L_RNA_scaffolder简介 L_RNA_scaffolder能利用长的转录子序列来辅助基因组的scaffolding拼接。这些长的转录子序列可以是454/sanger/Ion_Torr...
使用 SSPACE 进行 scaffoding
SSPACE 能利用 paired reads 的比对结果，将 contigs 或 scaffolds 连接成 scaffolds。其参考文献：Boetzer M, Henkel C V, Janse...
使用 SPAdes 进行基因组组装
1. SPAdes 简介 SPAdes 主要用于进行单细胞测序的细菌基因组组装，当然也能用于非单细胞测序数据。输入数据可以是 Illumina、IonTorrent reads,或 PacBio、Sa...
使用 PASHA 进行基因组组装
1. PASHA 简介 并行化运算，速度快的基因组组装软件。 2. PASHA 的下载和安装 $ wget http://cznic.dl.sourceforge.net/project/pasha/...
使用ABySS进行基因组组装
1. ABySS的安装 安装google-sparsehash $ sudo rpm -ivh http://sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash-2....
使用MaSuRCA进行基因组组装
1. MaSuRCA 简介 MaSuRCA(Maryland Super Read Cabog Assembler)基因组组装软件集合了 de Bruijn 和 Overlap-Layout-Cons...
Canu的graph和contig生成过程
这篇文章是我发现canu输出的contig可能存在misassembly(错误组装), 为了探索这种错误是如何产生的，我尝试解决如下问题 Canu输出contig的基本步骤 contig和GFA是什么...
高通量测序技术相关的名词解释
高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变...
基因组拼接中常见的名词解释
Read：高通量测序平台产生的序列就称为reads。 Contig：拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。 Scaffold：基因组de novo测序...
newbler输出结果文件454ContigGraph.txt内容介绍
The single file I’ll discuss today has in fact almost the entire assembly in it, besides the actual ...