对于RNA-seq而言，由于 技术误差， 测序深度不同， 基因长度不同，为了能够比较不同的样本，比较不同的基因的表达量，以及使表达水品分布符合统计方法的基本假设，就需要对原始数据进行标准化。 对于一个...
RNA-seq的标准化方法
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详细讲解NA-Seq基因表达水平衡量方法：RPKM, FPKM and TPM
小编注：近年来RNA-Seq被广泛应用，衡量基因表达水平的方法也开始多样化，例如RPK, RPKM, FPKM, TPM等。那他们之间有什么样的区别、以及怎样换算呢。之前PLoB上分享了一篇关于这方面...
RPKM, FPKM, TPM区别
在RNA-Seq的分析中，对基因或转录本的read counts数目进行標准化（normalization）是一个极其重要的步骤，因为落在一个基因区域內的read counts数目取决於基因长度和测序...
基因表达水平估计策略和方法
1、RPKM 方法 根据 RNA-seq 原理，测序过程实际上是对转录组中各转录本打断后随机采样 的过程。因此，当某基因的表达水平较高时，该基因上的读段数就多；当某基因 的长度较长时，该基因上的读段数...
差异基因分析方法
在利用RNA-seq数据比较分析两个样品中同一个基因是否存在差异表达的时候，一般选取两个标准： i）FoldChange FoldChange，很容易理解了。就是两样品中同一个基因表达水平的变化倍数。...
转录组测序问题集锦
转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合，转录组测序(RNA-seq) 是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录分析的方法,可以对全转录组进行系统的研究。 Roche GS FLX Ti...
RPKM简介
RNA-seq是透过次世代定序的技术来侦测基因表现量的方法，在衡量基因表现量时，若是单纯以map到的read数来计算基因的表现量，在统计上是一件相当不合理事，因为在随机抽样的情况下，序列较长的基因被抽...