GSEA使用介绍 Transcriptomics

GSEA使用介绍

在前面的《GSEA简介》中,简单介绍GSEA,以及GSEA分析调用的后台数据库MsigDB。下面简单介绍GSEA的使用。 第一步、下载GSEA软件: 下载地址:http://software.broa...
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GSEA简介 Transcriptomics

GSEA简介

基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)的基本思想是使用预定义的基因集(通常来自功能注释或先前实验的结果),将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序,然...
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GSEA-基因富集分析 Bioinformatics

GSEA-基因富集分析

说到富集,富集是将基因根据一些先验的知识(也就是常见的注释)进行分类的过程。我们一般会想到最常见的是GO/KEGG富集,其思路是先筛选差异基因,然后确定这些差异基因的GO/KEGG注释,然后通过超几何...
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GSEA使用事项小结 Bioinformatics

GSEA使用事项小结

最近为了了解下GSEA的算法的整体思路以及软件一些主要参数的具体含义,从头看了下其R代码,由于其R代码是作者在软件早期写的,其功能并不是很完善,但是其核心的思路还是在代码中体现出来了(其实主要还是GS...
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