GSEA分析结果详细解读 Bioinformatics

GSEA分析结果详细解读

在解读传统的富集分析结果时,经常会有这样的疑问,一个富集到的通路下,既有上调差异基因,也有下调差异基因,那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢,是被抑制还是激活?或者更直观点说,这条通路下的基因表达水...
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GSEA结果解读 Bioinformatics

GSEA结果解读

1 Enrichment score(ES) ES是GSEA最初的结果,反应全部杂交data排序后,在此序列top或bottom富集的程度。 ES原理:扫描排序序列,当出现一个功能集中的gene时,增...
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GSEA使用介绍 Transcriptomics

GSEA使用介绍

在前面的《GSEA简介》中,简单介绍GSEA,以及GSEA分析调用的后台数据库MsigDB。下面简单介绍GSEA的使用。 第一步、下载GSEA软件: 下载地址:http://software.broa...
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GSEA简介 Transcriptomics

GSEA简介

基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)的基本思想是使用预定义的基因集(通常来自功能注释或先前实验的结果),将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序,然...
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