基因表达标准化 不同样品的测序量会有差异，最简单的标准化方式是计算 counts per million (CPM)，即原始reads count除以总reads数乘以1,000,000。 这种计算方...
TranscriptomicsDESeq2差异基因分析和批次效应移除
阅读全文
Transcriptomics
Transcriptomics使用DESeq2进行差异表达分析
下载完原始数据，比对以及构建DESeqDataSet对象等一系列使用前准备完成后，我们便可以使用DESeq2进行后续的差异表达分析了。由于DESeq2的原理和内部的处理方法非常复杂，因此本文暂时不涉及...
TranscriptomicsDESeq2使用前准备
DESeq2是比较常用的bulk RNA-seq分析软件，也可以处理类似的ChIP-Seq，shRNA以及质谱数据。DESeq2基于负二项分布的模型对count table进行数据处理，因此需要的输入...
Transcriptomics用DESeq2包来对RNA-seq数据进行差异分析
差异分析的套路都是差不多的，大部分设计思想都是继承limma这个包，DESeq2也不例外。 DESeq2是DESeq包的更新版本，看样子应该不会有DESeq3了，哈哈，它的设计思想就是针对count类...