BLAST+:NCBI新的一套BLAST工具 Bioinformatics

BLAST+:NCBI新的一套BLAST工具

BLAST+与BLAST比较 BLAST已经成为序列比对软件代名词,且其词性也已经开始变化,诸如BLASTing之类的词汇在各种论文中已是屡见不鲜,可见其影响之深,使用之广,如同分子生物学领域中的PC...
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OrthoMCL使用详解 Genomics

OrthoMCL使用详解

1.Orthomcl是用来干嘛的? 我们都知道,我们在注释完一些基因组后,会拿到大量的蛋白,而这些蛋白,孤零零的放在那,你不觉得别扭吗?除了常规的pfam、interpro做完了,再做点什么呢?聚个类...
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mpiBlast的安装和使用 Bioinformatics

mpiBlast的安装和使用

之前一直在用NCBI新的blast+,速度不错。但是blast的线程是内存空享的,即只能单节点运算。手头能使用的计算资源只能达到单节点16 threads。动辄上万条的对比实在是太慢了。遂萌生用mpi...
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BLAST+的使用 Bioinformatics

BLAST+的使用

BLAST+与BLAST相比,有很多改进和提高,NCBI强烈推荐放弃BLAST,使用BLAST+, 这里说的BLAST和BLAST+,都是本地的。BLAST下载地址:NCBI BLAST+ (ftp:...
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