在制备测序文库时，经常会增加PCR的步骤来扩增DNA片段。如何评估PCR的效果和影响，本文主要分享ENCODE中针对ChIP-Seq和ATAC-Seq标准来说明。 ENCODE中主要通过三个参数来反应...
评估测序文库复杂度 Library Complexity
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搞懂illumina nextera Tn5 和ATAC seq adaptor 序列
在准备NGS文库的时候，会有用到转座酶Tn5，Nextera DNA Library Preparation Kit ，比如ATAC-seq就有用到这个Tn5。转座酶携带有特定的序列称为转座子Tran...
ATAC-Seq分析教程：原始数据的质控、比对和过滤
ATAC-Seq分析教程系列 ATAC-Seq分析教程：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 ATAC-Seq分析教程：原始数据的质控、比对和过滤 ATAC-Seq分析教程：用MAC...
ATAC-Seq分析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）phantompeakqualtools
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ATAC-Seq基础分析+高级分析+多组学分析
一、基础知识 1. 解密表观遗传学的三个方向与测序方法 1. 探索染色质的开放性（chromatin accessibility） ATAC-seq: Assay of Transposase Acc...