ScriptMothur处理454测序流程和命令 454测序返回的结果是sff格式的文件 #sffinfo(sff=test.sff,flow=T) #trim and bin sequences in flowgram #trim.flows(fl... 03月10日 2,025 1 阅读全文
Bioinformatics三种小型测序仪的比较 小型测序仪一般只有台式电脑大小,价格便宜、操作简单,但通量相对较小,一般用于重测序和小基因组或基因组片段的de novo测序 Nicholas Loman在Nature Biotechnology发了... 07月26日 1,716 1 阅读全文
GenomicsConsed的安装与使用教程 简介 Consed 是一款非常强大的图形化 finish 软件,由 David Gordon 等人于 1998 年发布, 目前已更新至 15.0 版本。 现在 consed 已经成为基因组 finis... 07月10日 2,164 2 阅读全文
Advance千年基因率先推出454+(GS FLX+)转录组测序 自罗氏旗下454生命科学推出测序读长达1,000 bp的454+(GS FLX+)测序系统以来,千年基因已利用该平台成功开展了大量全基因组测序项目。其中,苣苔的全基因组de novo测序组装已经初步完... 07月07日 808 评论 阅读全文
Genomics一种基于454数据拼接植物细胞器基因组的策略 一般在基因组组装中,我们常用的拼接方法是,对测序得到的二代数据直接用soapdenovo等软件进行基因组组装。但是这些方法一般只是适用于单一的基因组序列。 最近做的一个课题是从植物混合测序的数据中(核... 06月22日 2,388 9 阅读全文
Bioinformatics三代测序数据pacbio数据处理 三代测序仪现在逐步投入正式使用之中,目前三代测序例如pacbio数据大的特点之一就是测序得到的reads特别长,最近我开展的一个项目中利用pacbio测序的到的reads中最长的到了23165bp,平... 05月12日 9,704 2 阅读全文
BioinformaticsROCH-454 测序仪介绍 454公司可谓新一代测序技术的奠基人。2005年底,454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Sequencer 20 System,被《Nature》杂志以里... 04月01日 2,162 评论 阅读全文
GenomicsRunning newbler: more de novo assembly parameters There is a long list of options/flags/parameters for a newbler assembly, some of which have been tre... 03月31日 1,432 评论 阅读全文
BioinformaticsRunning newbler: de novo assembly This post is about how to start up newbler for de novo assembly projects. I will describe setting up... 03月31日 2,134 评论 阅读全文
GenomicsNewbler output VI: the ‘status’ files The files that are the topic of this post are all tables, i.e. tab separated text files. The ‘status... 03月31日 469 评论 阅读全文