454测序返回的结果是sff格式的文件 #sffinfo(sff=test.sff,flow=T) #trim and bin sequences in flowgram #trim.flows(fl...
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Bioinformatics
三种小型测序仪的比较
小型测序仪一般只有台式电脑大小，价格便宜、操作简单，但通量相对较小，一般用于重测序和小基因组或基因组片段的de novo测序 Nicholas Loman在Nature Biotechnology发了...
Genomics
Consed的安装与使用教程
简介 Consed 是一款非常强大的图形化 finish 软件，由 David Gordon 等人于 1998 年发布， 目前已更新至 15.0 版本。 现在 consed 已经成为基因组 finis...
Advance
千年基因率先推出454+（GS FLX+）转录组测序
自罗氏旗下454生命科学推出测序读长达1,000 bp的454+（GS FLX+）测序系统以来，千年基因已利用该平台成功开展了大量全基因组测序项目。其中，苣苔的全基因组de novo测序组装已经初步完...
Genomics
一种基于454数据拼接植物细胞器基因组的策略
一般在基因组组装中，我们常用的拼接方法是，对测序得到的二代数据直接用soapdenovo等软件进行基因组组装。但是这些方法一般只是适用于单一的基因组序列。 最近做的一个课题是从植物混合测序的数据中（核...
Bioinformatics
三代测序数据pacbio数据处理
三代测序仪现在逐步投入正式使用之中，目前三代测序例如pacbio数据大的特点之一就是测序得到的reads特别长，最近我开展的一个项目中利用pacbio测序的到的reads中最长的到了23165bp，平...
Bioinformatics
ROCH-454 测序仪介绍
454公司可谓新一代测序技术的奠基人。2005年底，454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Sequencer 20 System，被《Nature》杂志以里...
Genomics
Running newbler: more de novo assembly parameters
There is a long list of options/flags/parameters for a newbler assembly, some of which have been tre...
Bioinformatics
Running newbler: de novo assembly
This post is about how to start up newbler for de novo assembly projects. I will describe setting up...
Genomics
Newbler output VI: the ‘status’ files
The files that are the topic of this post are all tables, i.e. tab separated text files. The ‘status...