宏基因组 | Public Library of Bioinformatics

如何挑选宏基因组样本

在做完16S、18S或ITS等微生物多样性研究后，我们常常还会想进一步了解微生物群落的功能。通常情况下，会采用宏基因组、宏转录组或宏代谢组等方法深入分析，但相对于扩增子测序，宏基因组等测序手段的价格还...

09月09日 512 发表评论

SOAPdenovo特点宏基因组denovo组装软件中SOAPdenovo（http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo）的使用较为广泛，其具有组装速度快，N50值较...

01月05日 525 发表评论

Binning分析指把宏基因组中不同个体微生物序列分开，使得同一类序列聚集在一起的过程，其中常见的是同种菌株的序列聚类在一起。进行binning分析可以宏基因组数据中复杂的功能信息定位到菌株水平，方便...

01月05日 613 发表评论

1、首先安装Aspera 参考《使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据》，保证该软件在服务器上已经可用。测试代码，注意最后有个点，代表下载到当前目录下： ascp -i /your-p...

02月16日 8,306 1

微生物宏基因组信息分析培训班通知宏基因组学(metagenomics)是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象,以功能基因筛选和测序分析为研究手段,以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性...

11月22日 641 发表评论

随着测序技术的不断发展，宏基因组研究也越来越多。下面整一份从网上收集来的宏基因组研究的资料，与大家分享。为了满足一下不懂宏基因组同学的好奇，顺带从百度百科上取来一份词条作为介绍。定义宏基因组 ( ...

12月30日 14,080 2

什么叫宏基因组学？先做一个概念的普及，下面是摘取自百度百科的几段介绍：宏基因组学又叫微生物环境基因组学、元基因组学,Metagenomics 宏基因组学通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构...

07月20日 3,844 发表评论

Velvet是大家所熟知的一款基于二代数据进行基因组组装的软件了，PLoB中也有多篇相关的文章来介绍velvet的安装与使用了。MetaVelvet是否听说过呢。MetaVelvet是一款基于二代数据...

06月11日 1,448 发表评论