在做完16S、18S或ITS等微生物多样性研究后，我们常常还会想进一步了解微生物群落的功能。通常情况下，会采用宏基因组、宏转录组或宏代谢组等方法深入分析，但相对于扩增子测序，宏基因组等测序手段的价格还...
如何挑选宏基因组样本
阅读全文
宏基因组SOAPdenovo组装
SOAPdenovo特点 宏基因组denovo组装软件中SOAPdenovo（http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo）的使用较为广泛，其具有组装速度快，N50值较...
宏基因组binning-CONCOCT
Binning分析指把宏基因组中不同个体微生物序列分开，使得同一类序列聚集在一起的过程，其中常见的是同种菌株的序列聚类在一起。进行binning分析可以宏基因组数据中复杂的功能信息定位到菌株水平，方便...
linux下用Aspera从NCBI上下载SRA格式宏基因组数据
1、首先安装Aspera 参考《使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据》，保证该软件在服务器上已经可用。 测试代码，注意最后有个点，代表下载到当前目录下： ascp -i /your-p...
派森诺微生物宏基因组信息分析培训班通知
微生物宏基因组信息分析培训班通知 宏基因组学(metagenomics)是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象,以功能基因筛选和测序分析为研究手段,以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性...
宏基因组测序与分析方法以及问题集锦
随着测序技术的不断发展，宏基因组研究也越来越多。下面整一份从网上收集来的宏基因组研究的资料，与大家分享。为了满足一下不懂宏基因组同学的好奇，顺带从百度百科上取来一份词条作为介绍。 定义 宏基因组 ( ...
推荐一个二代测序高通量数据分析在线教程
现在的确又不少研究单位和公司开办关于生物信息学、二代测序数据分析等等之类的培训班，说实在这个培训班的效果有多大，确实不好说。但我个人认为，多数这类培训班都是针对生物信息刚入门的学员。因为现在高通量测序...
宏基因组学中微生物种群结构分析
什么叫宏基因组学？先做一个概念的普及，下面是摘取自百度百科的几段介绍： 宏基因组学又叫微生物环境基因组学、元基因组学,Metagenomics 宏基因组学通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构...
MetaVelvet: a short read assember for metagenomics
Velvet是大家所熟知的一款基于二代数据进行基因组组装的软件了，PLoB中也有多篇相关的文章来介绍velvet的安装与使用了。MetaVelvet是否听说过呢。MetaVelvet是一款基于二代数据...