Genomics使用 L_RNA_scaffolder 进行转录组序列对基因组序列的 rescaffolding 1. L_RNA_scaffolder简介 L_RNA_scaffolder能利用长的转录子序列来辅助基因组的scaffolding拼接。这些长的转录子序列可以是454/sanger/Ion_Torr... 03月26日2,7892基因组拼接 基因组组装 阅读全文
Genomics使用 SSPACE 进行 scaffoding SSPACE 能利用 paired reads 的比对结果,将 contigs 或 scaffolds 连接成 scaffolds。其参考文献:Boetzer M, Henkel C V, Janse... 03月26日5,412评论基因组 基因组拼接 阅读全文
Genomics使用 SPAdes 进行基因组组装 1. SPAdes 简介 SPAdes 主要用于进行单细胞测序的细菌基因组组装,当然也能用于非单细胞测序数据。输入数据可以是 Illumina、IonTorrent reads,或 PacBio、Sa... 03月26日17,277评论基因组拼接 基因组组装 阅读全文
Genomics使用 PASHA 进行基因组组装 1. PASHA 简介 并行化运算,速度快的基因组组装软件。 2. PASHA 的下载和安装 $ wget http://cznic.dl.sourceforge.net/project/pasha/... 03月26日2,023评论基因组拼接 基因组组装 阅读全文
Genomics使用ABySS进行基因组组装 1. ABySS的安装 安装google-sparsehash $ sudo rpm -ivh http://sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash-2.... 03月26日6,874评论基因组 拼接 阅读全文
Genomics使用MaSuRCA进行基因组组装 1. MaSuRCA 简介 MaSuRCA(Maryland Super Read Cabog Assembler)基因组组装软件集合了 de Bruijn 和 Overlap-Layout-Cons... 03月26日7,9776基因组 基因组组装 阅读全文
GenomicsCanu的graph和contig生成过程 这篇文章是我发现canu输出的contig可能存在misassembly(错误组装), 为了探索这种错误是如何产生的,我尝试解决如下问题 Canu输出contig的基本步骤 contig和GFA是什么... 04月18日290评论基因组拼接 基因组组装 阅读全文
Glossary高通量测序技术相关的名词解释 高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变... 06月11日4,7451 NGS 测序 阅读全文
Glossary基因组拼接中常见的名词解释 Read:高通量测序平台产生的序列就称为reads。 Contig:拼接软件基于reads之间的overlap区,拼接获得的序列称为Contig(重叠群)。 Scaffold:基因组de novo测序... 06月10日10,0345NGS 测序 阅读全文
Genomicsnewbler输出结果文件454ContigGraph.txt内容介绍 The single file I’ll discuss today has in fact almost the entire assembly in it, besides the actual ... 03月30日1,197评论454 拼接 阅读全文