Public Library of Bioinformatics Public Library of Bioinformatics
  • 首页
  • 分类文章
    • Bioinformatics
    • Machine Learning
    • Transcriptomics
    • Genomics
    • Single Cell
    • Epigenetics
    • Statistics
    • Script
    • Evolution
    • Glossary
    • ncRNA
    • Advance
    • Popular Science
  • 在线文档
    • ggplot2画图教程
    • 鸟哥的Linux私房菜
    • Perl教程
    • 机器学习
  • 关于我们
bj
欢迎光临!
登录
站内
百度
谷歌
必应
搜狗
360
首页

基因组拼接

Genomics

使用 L_RNA_scaffolder 进行转录组序列对基因组序列的 rescaffolding

1. L_RNA_scaffolder简介 L_RNA_scaffolder能利用长的转录子序列来辅助基因组的scaffolding拼接。这些长的转录子序列可以是454/sanger/Ion_Torr...
03/263,5352
阅读全文
Genomics

使用 SSPACE 进行 scaffoding

SSPACE 能利用 paired reads 的比对结果,将 contigs 或 scaffolds 连接成 scaffolds。其参考文献:Boetzer M, Henkel C V, Janse...
03/266,135评论
阅读全文
Genomics

使用 SPAdes 进行基因组组装

1. SPAdes 简介 SPAdes 主要用于进行单细胞测序的细菌基因组组装,当然也能用于非单细胞测序数据。输入数据可以是 Illumina、IonTorrent reads,或 PacBio、Sa...
03/2619,026评论
阅读全文
Genomics

使用 PASHA 进行基因组组装

1. PASHA 简介 并行化运算,速度快的基因组组装软件。 2. PASHA 的下载和安装 $ wget http://cznic.dl.sourceforge.net/project/pasha/...
03/262,655评论
阅读全文
Genomics

使用ABySS进行基因组组装

1. ABySS的安装 安装google-sparsehash $ sudo rpm -ivh http://sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash-2....
03/268,155评论
阅读全文
Genomics

使用MaSuRCA进行基因组组装

1. MaSuRCA 简介 MaSuRCA(Maryland Super Read Cabog Assembler)基因组组装软件集合了 de Bruijn 和 Overlap-Layout-Cons...
03/269,1296
阅读全文
Genomics

Canu的graph和contig生成过程

这篇文章是我发现canu输出的contig可能存在misassembly(错误组装), 为了探索这种错误是如何产生的,我尝试解决如下问题 Canu输出contig的基本步骤 contig和GFA是什么...
04/18981评论
阅读全文
Glossary

高通量测序技术相关的名词解释

高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变...
06/115,4231
阅读全文
Glossary

基因组拼接中常见的名词解释

Read:高通量测序平台产生的序列就称为reads。 Contig:拼接软件基于reads之间的overlap区,拼接获得的序列称为Contig(重叠群)。 Scaffold:基因组de novo测序...
06/1010,9665
阅读全文
Genomics

newbler输出结果文件454ContigGraph.txt内容介绍

The single file I’ll discuss today has in fact almost the entire assembly in it, besides the actual ...
03/301,808评论
阅读全文

文章分页

1 2

赞助链接




随机文章

  • CAT (Composition Analysis Toolkit) 组分分析工具 11/25 2,148
  • ENCODE:DNA元件百科全书(附相关论文简介与下载) 09/27 6,130
  • Testing SOAPdenovo2 Pre-release Version 07/05 2,133
  • How do sequencing errors affect de Bruijn graphs? 06/06 2,724
  • VCF格式详解 05/12 1,769
  • Blast2GO使用方法详解(命令界面) 12/20 22,193
Copyright © 2011-2025 Public Library of Bioinformatics (PLoB). All Rights Reserved. Sitemap