BioJava中如何编辑一条序列 Script

BioJava中如何编辑一条序列

有时候你可能希望改变序列或标志链的标志次序.例如你可能希望能删除或者插入或者重写DNA序列中的碱基. Biojava标志链有一个edit(Edit e)方法,能够以Edit对象为参数编辑标志链.Edi...
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BioJava中改变序列的名字 Script

BioJava中改变序列的名字

大多数Biojava序列对象是不可改变的。这样的安全特性能避免对数据完整性的破坏。这样,在序列对象中就没有setName()这样的方法。有一种办法是用原始序列作为参数创建原始序列对象的视图。 通过使用...
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利用BioJava从一条序列中得到子序列 Script

利用BioJava从一条序列中得到子序列

给定一条序列,我们也许只关心前10个碱基或者我们想得到序列中的一段。你也许想打印一条子序列至输出流,例如STDOUT。如何做到这些? Biojava使用生物学坐标系统识别碱基。第一个碱基索引为1,最后...
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利用BioJava建立杂交产物成分表 Script

利用BioJava建立杂交产物成分表

杂交产物成分表(cross product alphabet)由多个其他成分表生成。目的是将两个或者多个标记包装成单个的“杂交产物”标记。例如,使用三个DNA成分表杂交可以将密码子(三联密码子)包装成...
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