1.Hi-C原理简介 1.1 Hi-C技术高通量染色体构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture)研究全基因组三维构象及分析染色质片段...
三维基因组技术（二）：Hi-C辅助组装与Lachesis的使用
写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Hi-C 辅助组装（PGA）技术原理 染色质在细胞核内分布的并不是随机分布的，而是不同染色体占据不同的空间...
三维基因组技术（一）：简单介绍
写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.基因组空间三维结构与功能 染色质空间三维结构 染色体结构 DNA以一长串复杂的线圈形式堆积成染色体。DNA...
ATAC-Seq分析教程：原始数据的质控、比对和过滤
ATAC-Seq分析教程系列 ATAC-Seq分析教程：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 ATAC-Seq分析教程：原始数据的质控、比对和过滤 ATAC-Seq分析教程：用MAC...
基因富集通路图展示神器-Mapman的使用
大家还在为通路图中无法展示具体基因而发愁吗？还在为基因富集通路图展示出来不够美观而苦恼吗？今天小编给大家带来一款植物基因功能分析神器——Mapman，可帮您解决此问题，闲话不多说了，大家先找个安静的地...
Systemd Slice 配置与管理
1. /etc/systemd/system/user-.slice 的参数和选项 /etc/systemd/system/user-.slice 文件用于配置每个用户的资源限制。下面是一个示例配置文...
RNA-Seq数据分析新方法流程(HISAT、StringTie和Ballgown)
Tophat+cufflinks组合是RNA-Seq数据分析的一个很经典的分析方法了，四年前关于这两个软件的使用，Nature Protocol专门发文介绍如何使用这两个软件，具体可以参考《利用top...
[深度学习笔记1]Logistic回归：最基础的神经网络
个人认为理解并掌握这个logistic regression是学习神经网络和深度学习最重要的部分，也是最基础的部分，学完这个再去看浅层神经网络、深层神经网络，会发现后者就是logistic重复了若干次...
利用R语言heatmap.2函数进行聚类并画热图
数据聚类然后展示聚类热图是生物信息中组学数据分析的常用方法，在R语言中有很多函数可以实现，譬如heatmap,kmeans等，除此外还有一个用得比较多的就是heatmap.2。最近在网上看到一个笔记文...
担心数据质量不可靠？千年基因推出外显子组测序数据质量评估服务
越来越多的研究表明，数据质量对于外显子组测序至关重要。当数据质量较低时，研究人员很可能会错过有用的变异信息。例如，埃默里大学医学院教授Madhuri Hegde在对一名视网膜营养不良患者进行外显子组测...