有的时候我们需要绘制许多图表类型相似的图表，比如挑选多个基因做qPCR验证转录组数据，有时也需要绘制横轴一致的图表进行相互比较。对于下图这类堆叠图表，如果一个一个画，把做标轴的scale设成一样的，然...

对于RNA-seq而言，由于 技术误差， 测序深度不同， 基因长度不同，为了能够比较不同的样本，比较不同的基因的表达量，以及使表达水品分布符合统计方法的基本假设，就需要对原始数据进行标准化。 对于一个...

首先向大家简单介绍下GEO数据库，它是为了共享基因表达数据而建立的一个在线数据库。很多文章发表都需要上传到GEO数据库，还不赶紧学习下，(*^__^*)。 如果要上传GEO数据库，首先要建立一个NCB...

1、创建账号 如果要上传GEO数据库，首先要创建NCBI帐号， 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/ 登录成功后，回到GEO的主页，点击 Sub...

Cellranger的结果力求与常规分析的结果格式相同，比如它生成的 barcoded BAM files 也可以放到IGV中查看比对质量 count结果一般放在out目录下，主要有summary和a...

总的来说，Cell Ranger主要的流程有：拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze，还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sit...

首先对上次改好名称的fastq数据进行质控 # 以P2586-4为例 mkdir -p $wkd/qc cd $wkd/qc find $wkd/raw/P2586-4 -name '*R1*.gz'...

将SRA转为fastq 我们使用fastq-dump这款软件，它是sra-tool中的一个工具，使用conda安装即可 conda install -c bioconda sra-tools 关于这个...

数据来自2018年9月的NC文章Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of...

前言 Monocle的官网在： 版本2：https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#installing-monocle 版本3...