过去几年间,高通量RNA测序已经取得了一些意想不到的成果,其中一些似乎是能够改写传统遗传学智慧的突破性发现。但是,这些调查结果现在受到了挑战,计算生物学家警告说,在这些数据密集型研究(data-int...
生物信息画图颜色搭配以及颜色卡
最近在用Qt写一个可视化软件,需要预先设定一些颜色搭配。刚好在网上收到了两张不错的颜色搭配图,与大家分享一下。大家在用R、matlab等画图的时候可以参考一下。 颜色搭配图: 各种颜色对应的名称与RB...
与细菌共生
撰文╱阿克曼(Jennifer Ackerman)翻譯╱涂可欣 重点提要 人体内的细菌细胞数是人类细胞的10倍,然而研究人员直到最近,才开始了解微生物对健康的帮助。 有些细菌会制造人体无法合成的有益化...
基因组装配新前沿:长片段完成完整的基因组
PacBio®长读序为基因组完成带来了新变革。资深基因组装配专家开发的错误校正软件使科学家能在其短读取数据中添加长读序数据,最终将那些未完成的基因组补全。 在过去的十年,基因组装配让一些科学家渴望转向...
比较介绍26种数据挖掘软件
1、数据挖掘软件之ANGOSS软件公司 KnowledgeSTUDIO 平台:NT , Windows 9X 功能:CHAID算法,支持PMML,留有与SAS、S-Plus的接口,能够灵活地导入外部模...
生物学重复与技术重复
在利用基因芯片或者RNA-seq做基因表达分析的时候,经常听说生物学重复和技术重复,这篇文章我们就来简单介绍二者的含义。 首先利用一张示意图对二者做一个简单介绍: 使用同一个抽提的RNA...
各种PCR介绍
PCR可以说是目前分子生物学实验中应用最为广泛的一种技术。从最初的在几个水浴锅里把试管放来放去,到现在各种先进的PCR仪, 到REAL TIME PCR。 设备是越来越先进,方法是越来越多,但基本的原...
PacBio Sequences的HDF5格式
HDF5 is a data format designed by National Center for Supercomputing Applications at UIUC to rapidly...
Testing SOAPdenovo2 Prerelease – V (map and scaff)
We would like to complete our description of SOAPdenovo2 commands and get into more interesting topi...
Consed的安装与使用教程
简介 Consed 是一款非常强大的图形化 finish 软件,由 David Gordon 等人于 1998 年发布, 目前已更新至 15.0 版本。 现在 consed 已经成为基因组 finis...