在做基因组拼接的时候，有时候已经获得了一堆contig或者scaffold，然后需要利用另外的一个pair-end或者mate-pair文库进一步做scaffolding的话。用什么软件好呢？ 最近使...

基因组的某位置，会发生突变，或者说对于多个物种的个体进行测序的话，会发现许多位置不是稳定的只是某个碱基，而应该用频率表示，ACTG出现的频率，如果某个位置有出现两个以上碱基的可能性，我们就将这个位置称...

最近在Plos ONE 上看到一篇比较分析基因组拼接软件的文章，该文章列举了目前主流的基因组拼接软件（Genome Assembly），以及相关的算法、使用的数据平台，等等。 下面是软件使用平台和算法...

2005年，Tettelin等人提出了微生物泛基因组概念（pan-genome，pan源自希腊语‘παν’，全部的意思），泛基因组即某一物种全部基因的总称，包括核心基因组（core genome），在...

有个mRNA，觉得自己很孤单，就拉个核糖体过来翻译个蛋白给自己作伴，翻译好之后对蛋白说：“你好，我是你的模板。”蛋白说：“你好，我是 RNase。” mRNA沉默了一下，说：“没关系,反正我本来也活不...

RNA-seq是透过次世代定序的技术来侦测基因表现量的方法，在衡量基因表现量时，若是单纯以map到的read数来计算基因的表现量，在统计上是一件相当不合理事，因为在随机抽样的情况下，序列较长的基因被抽...

之前在本博客上发表一篇利用sed 将fastq转换成fasta的文章，这种方法利用linux系统自带的程序sed进行处理，速度很快，但是后来发现当fastq中某一reads的质量值以‘@’开头的话就会...

Bar 代码如下： #!/use/bin/perl use SVG::TT::Graph::Bar; my @fields = qw(Jan Feb Mar); my @data_sales_02 =...

这是一个很不错的Manuals网站，主要针对生物信息学的研究人员，里面包括R、Bioconductor、NGS、EMBOSS、Linux等软件和系统的使用教程。如： R Basics Manual B...

Glossary terms in genome assembly RNA sequencing (RNA-seq). An experimental protocol that uses next-...