Gbrowse SNV突变频率图绘制 Genomics

Gbrowse SNV突变频率图绘制

基因组的某位置,会发生突变,或者说对于多个物种的个体进行测序的话,会发现许多位置不是稳定的只是某个碱基,而应该用频率表示,ACTG出现的频率,如果某个位置有出现两个以上碱基的可能性,我们就将这个位置称...
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泛基因组 Glossary

泛基因组

2005年,Tettelin等人提出了微生物泛基因组概念(pan-genome,pan源自希腊语‘παν’,全部的意思),泛基因组即某一物种全部基因的总称,包括核心基因组(core genome),在...
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悲伤的mRNA Popular Science

悲伤的mRNA

有个mRNA,觉得自己很孤单,就拉个核糖体过来翻译个蛋白给自己作伴,翻译好之后对蛋白说:“你好,我是你的模板。”蛋白说:“你好,我是 RNase。” mRNA沉默了一下,说:“没关系,反正我本来也活不...
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RPKM简介 Glossary

RPKM简介

RNA-seq是透过次世代定序的技术来侦测基因表现量的方法,在衡量基因表现量时,若是单纯以map到的read数来计算基因的表现量,在统计上是一件相当不合理事,因为在随机抽样的情况下,序列较长的基因被抽...
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fastaq2fasta Script

fastaq2fasta

之前在本博客上发表一篇利用sed 将fastq转换成fasta的文章,这种方法利用linux系统自带的程序sed进行处理,速度很快,但是后来发现当fastq中某一reads的质量值以‘@’开头的话就会...
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