给定一条序列，我们也许只关心前10个碱基或者我们想得到序列中的一段。你也许想打印一条子序列至输出流，例如STDOUT。如何做到这些？ Biojava使用生物学坐标系统识别碱基。第一个碱基索引为1，最后...
利用BioJava从一条序列中得到子序列
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利用BioJava从字串中创建一条序列对象以及将其写回一条字串
很多时候我们将序列用一个由字符组成的字串表示，如 "atgccgtggcatcgaggcatatagc". 这是表示复杂生物序列的一种非常方便简洁的方法。Biojava使用SymbolLists和Se...
利用BioJava从杂交产物成分表中分解出他们的组成标记
杂交产物成分表用来将一组标记包装成单个标记。这有利于处理象密码子这样的标记。然而，有时候我们希望将这些标记转变回它们的组成标记，下面的例子说明了如何完成这个任务。 杂交产物成分表中的标记实现了原子标记...
利用BioJava建立杂交产物成分表
杂交产物成分表(cross product alphabet)由多个其他成分表生成。目的是将两个或者多个标记包装成单个的“杂交产物”标记。例如，使用三个DNA成分表杂交可以将密码子（三联密码子）包装成...
BioJava中如何将一条序列以Fasta格式输出
Fasta格式是一种相当标准的符合生物信息学的输出，很容易读取。Biojava中有一个SeqIOTools的类提供很多方便的静态方法，能够完成很多通用的符合生物信息学的输入输出任务。下面的例子展示如何...
利用BioJava判别两个成分表或两个标记是否相同
在Biojava中，无论字母表和标记是通过何种方式建立的，相同的字母表和标记都是规范一致的。这意味着如果在不同时间创建的两个DNA字母表（或者是来自那些字母表中的标记）对象是相等的，通过调用.equa...
BioJava将ABI序列转化为BioJava序列
很多生物信息学工作从读取测序仪的DNA片断开始.常用的是ABI测序仪的输出.Biojava包括了一个ABITrace类能够解析ABITrace文件或URL或者是存储他的byte[]数组.下面的程序由M...
利用BioJava从GenBank/EMBL/SwissProt格式中抽取序列并且以FASTA格式输出
为完成这个任务,我们将继承先前例子中的通用读取器,包括将序列以FASTA格式输出的能力.这里提供两个程序,一个适用于Biojava1.3pre,一个适用于Biojava1.3. 使用Biojava1....
利用BioJava读取一个GenBank,SwissProt,EMBL文件
SeqIOTools类包含了读取GenBank,SwissProt,EMBL文件的方法。因为文件中包含了不止一条序列，所以SeqIOTools返回一个序列遍历器（SequenceIterator)能够...
利用BioJava自定义的标记建立自定义的成分表
本例子讲述如何创建一个“二进制”的成分表，它包括两种标记：0或1。用户可以制定自己的标记和成分表，然后可以用来创建标记链，序列，分布等等。 [code lang="java"] import org....