HGNC数据库简介

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所属分类:Bioinformatics

人类基因命名委员会(HUGO Gene Nomenclature Committee);人类基因组命名委员会!

其实有了NCBI的entrez ID,然后还有refseq里面的ID,还有ensembl的ID,还有基因本身的功能英文缩略简称,已经很麻烦了,又来了一个HGNC,唉,头疼!

The HGNC approves both a short-form abbreviation known as a gene symbol, and also a longer and more descriptive name.

可以下载整个数据,用脚本慢慢研究研究

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/genenames/new/tsv/hgnc_complete_set.txt

还是看看BRCA1这个基因,里面的信息挺多的,主要看HGNC:1100,就是这个数据库对它这个基因的编号

HGNC:1100

BRCA1  这个是基因名,需要得到该组织的认可!!!!

breast cancer 1, early onset protein-coding gene gene with protein product Approved

17q21.31 17q21.31

RNF53|BRCC1|PPP1R53|FANCS” “BRCA1/BRCA2-containing complex, subunit 1|protein phosphatase 1, regulatory subunit 53|Fanconi anemia, complementation group S” “Ring finger proteins|Protein phosphatase 1 regulatory subunits” “58|694″

1991-02-20T00:00:00Z

2015-04-18T00:00:00Z

672     这里是entrez ID

ENSG00000012048  这里是ensembl的ID,

OTTHUMG00000157426 uc002ict.3 U14680 NM_007294

CCDS11453|CCDS11454|CCDS11455|CCDS11456|CCDS11459|CCDS11455|CCDS11456|CCDS11459|CCDS11454″ P38398 1676470 MGI:104537 RGD:2218

"Breast Cancer|http://research.nhgri.nih.gov/bic/|BRCA1 database at LOVD-China|http://genomed.org/LOVD/BC/home.php?select_db=BRCA1|LOVD – Leiden Open Variation Database|http://chromium.liacs.nl/LOVD2/cancer/home.php?select_db=BRCA1|LOVD – Leiden Open Variation Database|http://proteomics.bio21.unimelb.edu.au/lovd/genes/BRCA1|LRG_292|http://www.lrg-sequence.org/LRG/LRG_292″

BRCA1 113705 119068

 

数据结构大概就是这个样子的了!

这几个数据库的内容都是互相链接的!

 

然后我们看看HGNC数据库的一些统计信息

http://www.genenames.org/cgi-bin/statistics

总共有40392个基因信息

其中18990个是能编码蛋白产物的基因,它们大多有GO注释

其中5927个是non-coding RNA,是现在的研究热门。

还有12546个是假基因,挺复杂的

最后还有1188个免疫相关基因,位置基因,病毒基因等等

 

最后,送给大家一个彩蛋!还有十一个物种也是有一个命名委员会的!

类似于 Mouse Gene Nomenclature Committee (MGNC).  Please see the following links:

参考文献;

Gray KA, Yates B, Seal RL, Wright MW, Bruford EA. genenames.org: the HGNC resources in 2015. Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue):D1079-85. doi: 10.1093/nar/gku1071. PMID:25361968

原文来自:http://www.bio-info-trainee.com/653.html

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